Patient sample-oriented analysis of gene expression highlights extracellular signatures in breast cancer progression

گرچه مجموعه ای از سلول های سرطانی سرطانی جایگزین مناسب برای نمونه های بیمار هستند، ارتباط فیزیولوژیکی فنوتیپ های مولکولی مشاهده شده در سلول های سلولی بحث انگیز است. از آنجایی که داده های رونوشتپتیومی یک مجموعه نماینده از فنوتیپ های مولکولی در سرطان ها هستند، ما به طور سیستماتیک اختلالات ژن های بیان ژن جهانی بین نمونه های بیمار و سلول های سلولی در سرطان های سینه را تجزیه و تحلیل کردیم. در حالی که اکثر ژن ها نشان دادند که هماهنگی عمومی بین نمونه های بیمار و سلول های سلولی، بیان ژن ها در دسته های ماتریکس خارج سلولی، ترمورهای کلاژن، فعالیت گیرنده، فعالیت کاتالیزوری و فعالیت حمل و نقل تنها در نمونه های بافت کنترل شد. ژن ها در ماتریکس خارج سلولی، به ویژه ترمورهای کلاژن، تغییرات گسترده ای از بیان در بافت نشان دادند، اما حداقل بیان و تنوع در خطوط سلولی. تجزیه و تحلیل بیشتر نمونه های بافتی به طور انحصاری نشان داد که ژن های کلاژن دارای تغییرات بیانگر وابسته به مرحله سرطانی بر اساس ساختار سوپرومولکولی آنها است. بیومارکرهای کلاژن پیش آگهی همراه با میزان زنده ماندن نیز به راحتی از تجزیه و تحلیل روانگردان بافتی پیش بینی شده است. این مطالعه محدودیت های خطوط سلولی و ویژگی های منحصر به فرد نمونه های بافت را از لحاظ دسته های کاربردی ترانسکتوموم سرطان ارائه می دهد.