کد مقاله کد نشریه سال انتشار مقاله انگلیسی نسخه تمام متن
8626228 1568511 2018 6 صفحه PDF دانلود رایگان
عنوان انگلیسی مقاله ISI
A comparison of next-generation sequencing analysis methods for cancer xenograft samples
ترجمه فارسی عنوان
مقایسۀ روشهای تحلیل توالی‌یابی نسل جدید برای نمونه‌های زنوگرافت سرطان
کلمات کلیدی
زنوگرافت مشتق‌شده از بیمار، توالی‌یابی نسل جدید، کنترل آلودگی میزبان، هم‌ترازی
فهرست مطالب مقاله
چکیده

کلمات کلیدی

1. مقدمه 

2. ویژگیهای توالی‌یابی نمونۀ زنوگرافت سرطان 

3. روشهای تحلیل برای داده‌های توالی‌یابی از نمونه‌های زنوگرافت سرطان

3.1- راهکارها و چارچوبهای اصلی 

3.1.1- مدل طبقه‌بندی منحصر به فرد 

3.1.2- راهکار لیست سیاه از پیش تنظیم‌شده 

3.2- حداقل نیازمندی‌های سیستمی 

3.3- ارزیابی جامع 

جدول 1- خلاصه‌ای از حداقل الزامات سیستمی 

4. نتیجه‌گیری و چشم‌اندازها 

جدول 2- مقایسۀ تعداد خوانش‌های اختصاص یافته به ژنومهای انسان و موش با استفاده از زنوم، ابهام‌زدایی و یا bamcmp

شکل 1- رهنمودهایی برای کاربران جهت پرداختن به داده‌های NGS از نمونه‌های زنوگرافت سرطان (داده‌های NGS از نمونه‌های زنوگرافت سرطان، داده‌های خام در دسترس است؟ (بله، خیر)- ابهام‌زدایی، bamcmp (جایگزین)- pdxBlacklist-نتیجه، زنوگرافت، مبهم، میزبان)



 
ترجمه چکیده
کاربرد تکنولوژی توالی‌یابی نسل جدید (NGS) در سرطان، تحت تأثیر کیفیت و خلوص نمونه‌های بافت است. این مسئله برای مدلهای زنوگرافت مشتق‌شده از بیمار (PDX) اهمیت ویژه‌ای دارد که اثبات شده است بهترین ابزار پیش‌بالینی برای بررسی زیست‌شناسی تومور انسانی باشد، چون حساسیت و ویژگی تحلیل NGS در نمونه‌های زنوگرافت به دلیل آلودگی DNA و RNA موش به خطر می‌افتد. این امر قطعاً با فراخوانیِ نادرست جهش و برآوردهای بیان ژنی بر تحلیل‌های پایین‌دست تأثیر می‌گذارد. بنابراین، پایایی تحلیل داده‌های NGS برای نمونه‌های زنوگرافت سرطان وابستگی زیادی به این موضوع دارد که آیا خوانش‌های توالی‌یابی مشتق‌شده از زنوگرافت را می‌توان از خوانش‌های نشأت‌گرفته از میزبان تشخیص داد. یعنی، هر خوانش توالی باید دقیقاً به گونه‌های اصلی آن اختصاص یابد. ما در اینجا روشهای موجود در این زمینه را مرور می‌کنیم که شامل زنوم (Xenome)، ابهام‌زدایی (Disambiguate)، bamcmp، و pdxBlacklist است و رهنمودهایی را برای کاربران فراهم می‌کنیم.
موضوعات مرتبط
علوم زیستی و بیوفناوری بیوشیمی، ژنتیک و زیست شناسی مولکولی زیست شناسی تکاملی
چکیده انگلیسی
The application of next-generation sequencing (NGS) technology in cancer is influenced by the quality and purity of tissue samples. This issue is especially critical for patient-derived xenograft (PDX) models, which have proven to be by far the best preclinical tool for investigating human tumor biology, because the sensitivity and specificity of NGS analysis in xenograft samples would be compromised by the contamination of mouse DNA and RNA. This definitely affects downstream analyses by causing inaccurate mutation calling and gene expression estimates. The reliability of NGS data analysis for cancer xenograft samples is therefore highly dependent on whether the sequencing reads derived from the xenograft could be distinguished from those originated from the host. That is, each sequence read needs to be accurately assigned to its original species. Here, we review currently available methodologies in this field, including Xenome, Disambiguate, bamcmp and pdxBlacklist, and provide guidelines for users.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Journal of Genetics and Genomics - Volume 45, Issue 7, 20 July 2018, Pages 345-350
نویسندگان
, , , , , ,