Molecular identification of dermatophytes isolated in Sfax-Tunisia

SummaryRecently, molecular techniques have been developed for rapid and accurate alternative identification of dermatophyte.ObjectiveThe objective was to investigate PCR sequencing for identification of common dermatophyte species.Materials and methodsTwenty-four samples were taken from patients with dermatophytosis. Mycological identification revealed: Trichophyton rubrum (13), Trichophyton mentagrophytes (seven), Microsporum sp. (two) and negative culture (two). PCR sequencing of chitin synthase1 gene from culture was applied for 17 strains and directly from samples for seven cases.ResultsPCR amplification of CHS1 gene gave a 450 bp fragment. Sequencing showed 97 to 99% identity. Identification of our strains by conventional methods was confirmed by PCR sequencing in 83.3% of cases. Two isolates of Microsporum sp. were reclassified as M. ferrugineum. In the two cases with negative culture, direct PCR sequencing has detected T. mentagrophytes.ConclusionPCR sequencing provided excellent tool for identifying strains that do not present typical morphological characteristics. It was also able to give correct identification of the first isolates of M. ferrugineum in Tunisia.

RésuméRécemment, les techniques moléculaires ont été développées comme des alternatives rapides et précises d’identification des dermatophytes.ObjectifNotre objectif a été d’appliquer le séquençage de produits PCR pour l’identification des espèces de dermatophytes les plus fréquentes.Matériels et méthodesVingt-quatre échantillons ont été prélevés chez des patients atteints de dermatomycoses. L’identification mycologique a révélé : Trichophyton rubrum (13), Trichophyton mentagrophytes (sept), Microsporum sp. (deux) et culture négative (deux). Le séquençage d’amplicons PCR du gène de la « chitine synthase 1 » à partir de la culture a été appliqué pour 17 souches et directement à partir du prélèvement pour sept cas.RésultatsL’amplification par PCR du gène CHS1 a permis d’obtenir un fragment de 450 pb. Le séquençage a montré 97 à 99 % d’identité. L’identification de nos souches par les méthodes conventionnelles a été confirmée par PCR séquençage dans 83,3 % des cas. Deux isolats de Microsporum sp. ont été reclassés comme M. ferrugineum. Dans les deux cas de culture négative, le séquençage de produits PCR appliqué directement à partir des squames a détecté T. mentagrophytes.ConclusionLe séquençage de produits PCR a fourni un excellent outil pour l’identification des souches qui ne présentent pas des caractéristiques morphologiques typiques. Il a été aussi capable de donner l’identification correcte des premiers isolats de M. ferrugineum en Tunisie.