Two decades experience of typing Acinetobacter strains: evolving methods and clinical applications

Les souches multirésistantes du genre Acinetobacter avec en particulier Acinetobacter baumannii sont connues pour leur capacité à essaimer parmi les patients dans les hôpitaux. Le typage de ces bactéries en milieu hospitalier peut se révéler important pour établir les cas d'infections croisées, pour identifier leurs origines et leurs modalités de dissémination. En marge du milieu hospitalier, le typage est important pour décrire la diversité et la diffusion de ces bactéries dans de larges distances géographiques. Les méthodes initiales de typage étaient phénotypiques, utilisant la lysotypie, le sérotypage et la biotypie. De ces méthodes la biotypie est encore utile pour attribuer à certains biotypes des souches selon un schéma défini. L'antibiotypie peut aussi être utilisée pour un « screening » des souches à identifier, mais les résultats doivent être interprétés avec prudence car les profils de sensibilité peuvent se modifier en fonction d'acquisitions ou de perte de gènes de résistance. Actuellement les méthodes les plus utilisées sont génotypiques, telles que le typage par PCR, l'électrophorèse en champ pulsé (PFGE), le ribotypage, et l'analyse génomique par AFLP (analyse du polymorphisme génomique par amplification de fragments) ; le typage par PCR est une méthode de screening facile mais de reproductibilité limitée. Les 3 autres méthodes sont plus fiables et permettent d'établir des « librairies » de données, bien que l'AFLP ne permette pas des comparaisons inter-laboratoires. Un nouveau développement utilise des méthodes de typage basées sur des séquences « multilocus » et la possibilité de leur usage en remplacement des méthodes génotypiques actuelles est attendu dans les prochaines années. Le système de typage de « multilocus sequence » a été décrit pour Acinetobacter, mais son utilité reste à tester sur de grands nombres de souches.