Amino acid and codon use: in two influenza viruses and three hosts

ObjectiveThe aim of this study was to compare the use of amino acids and codons in influenza viruses A and B and in their common hosts, to highlight any relevant difference.MethodsThe frequency of the 20 amino acids and of the 61 codons was studied in influenza viruses A, B, and in man, pig, and chicken. The correlation in amino acid and codon use among these hosts was calculated.ResultsThe correlation between the frequency of the 20 amino acids and the molecular weight was also calculated and it was very similar in all studied hosts, ranging from 0.506 to 0.595. The correlation of codon frequency among these organisms was highest between man and chicken (r = 0.974), and lowest between pig and virus B (r = 0.147).ConclusionsThe important correlation in codon use among the three hosts and the two viruses suggests there was a remote lateral gene transfer among the three hosts and the two viruses. The higher use of alanine, leucine, and proline in man versus virus A is significant.

RésuméObjectifLe but de cette recherche était de comparer l'utilisation de codons et d'acides aminés chez le virus de la grippe et chez trois hôtes afin de détecter toute différence qui pourrait contribuer à résoudre le problème de l'origine du virus.MéthodesLa fréquence des 20 acides aminés et des 61 codons a été analysée chez le virus A et B de la grippe et chez l'homme, le porc et le poulet. Les corrélations en ce qui concerne l'utilisation des codons et des acides aminés chez ces différents organismes ont été également calculées.RésultatsLa corrélation entre la fréquence des 20 acides aminés et le poids moléculaire a été calculée et elle semble presque la même chez tous les organismes objet de notre étude, avec une variabilité de 0,506 (virus A) à 0,595 (virus B). La corrélation de la fréquence des codons chez les différents organismes montre les valeurs les plus élevés entre l'homme et le poulet et les plus basses entre le porc et le virus B (r = 0,147).ConclusionsL'importante corrélation en ce qui concerne l'utilisation des codons dans les trois hôtes et les deux virus, suggère qu'il y a eu un lointain transfert génique latéral entre les trois hôtes et l'agent infectieux. L'utilisation d'Alanine, Leucine et Proline, plus élevée chez l'homme que dans le virus A est significative.