Applications de la technologie MALDI-TOF en microbiologie clinique

RésuméL’identification des micro-organismes reposait jusqu’à présent sur l’étude des caractères culturaux et biochimiques des espèces bactériennes et fongiques. Depuis quelques années, la spectrométrie de masse de type Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization-Time Of Flight (MALDI-TOF) s’est développée dans les laboratoires de microbiologie clinique. Cette nouvelle technologie permet de réaliser très rapidement et à moindre coût un diagnostic d’espèce sur des colonies de bactéries ou de champignons isolés sur des milieux de culture solides. Par ailleurs, il est aussi possible d’identifier les germes directement à partir de flacons d’hémocultures positifs ou à partir de certains prélèvements comme les urines. D’autres pistes sont en cours d’exploration pour étendre l’utilisation de cette méthode dans les laboratoires de microbiologie clinique. En effet certaines études proposent de dépister les résistances aux antibiotiques ou même de réaliser de la comparaison de souches intra-espèces pour accéder plus rapidement au typage des souches. Cette revue a pour objectif principal de faire le point sur les données récentes de la littérature concernant les différentes applications du MALDI-TOF au diagnostic microbiologique de routine.

Until now, the identification of micro-organisms has been based on the cultural and biochemical characteristics of bacterial and fungal species. Recently, Mass Spectrometry type Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization-Time of Flight (MALDI-TOF MS) was developed in clinical microbiology laboratories. This new technology allows identification of micro-organisms directly from colonies of bacteria and fungi within few minutes. In addition, it can be used to identify germs directly from positive blood culture bottles or directly from urine samples. Other ways are being explored to expand the use of MALDI-TOF in clinical microbiology laboratories. Indeed, some studies propose to detect bacterial antibiotic resistance while others compare strains within species for faster strain typing. The main objective of this review is to update data from the recent literature for different applications of MALDI-TOF technique in microbiological diagnostic routine.