Mise au point d’une technique de PCR en temps réel pour la détection rapide des gènes qnr chez des entérobactéries productrices de bêta-lactamases à spectre étendu

RésuméBut de l’étudeLe but de cette étude était de développer une méthode de PCR en temps réel permettant de détecter rapidement les gènes de résistance plasmidique aux quinolones qnr.MéthodesLa technique de PCR en temps réel avec SYBR Green I a été développée sur l’automate Roche LightCycler®. La détection des gènes qnr était réalisée par comparaison des courbes de fusion à celle d’un témoin positif. Cette étude a permis d’étudier 138 souches isolées de prélèvements diagnostiques ou écologiques en Champagne-Ardenne en 2004.RésultatsAprès optimisation de la technique, la spécificité des amorces a été confirmée en testant les trois contrôles positifs seuls, puis en présence des souches à tester. Chaque PCR permettait de rechercher sur 30 souches un gène qnr en 60 minutes. Parmi 138 souches, 3,6 % des souches étaient porteuses de qnrA1, 1,5 % de qnrS1 et aucune ne présentait le gène qnrB. La prévalence du déterminant de résistance qnr était de 5 % et atteignait 9,5 % pour les seules souches isolées de prélèvements diagnostiques.ConclusionCette technique de PCR est une méthode de détection rapide des gènes qnr. Cette étude rapporte une relativement forte prévalence (5 %) de qnr parmi les entérobactéries productrices de bêta-lactamases à spectre étendu (EBLSE) isolées en Champagne-Ardenne en 2004.

Aim of the studyTo develop a fast and reliable real time PCR technique for detecting plasmid-mediated quinolone resistance genes qnrA, qnrB and qnrS.MethodsA real-time PCR assay using SYBR Green I and Roche LightCycler® was developed to detect qnr genes. Detection of qnr genes was based on comparison of melting temperature differences with a positive control of each qnr genes. This assay was performed to study 138 isolates collected from diagnostic and screening samples in the Champagne-Ardenne region in 2004 (France).ResultsIn optimized conditions, the three positive controls tested alone and with isolates confirmed the specificity of the PCR primers. Each PCR assay was able to test 30 strains in 60 min for 1 qnr gene. Out of 138 isolates screened, 3.6 % isolates were positive for a qnrA1, 1.5 % for qnrS1 and no qnrB-like gene. Prevalence of qnr determinants was 5 % and reached 9.5 % in clinical isolates.ConclusionReal-time PCR is a fast and reliable technique for screening of qnr-positive strains. This study shows a relatively high prevalence of qnr determinants (5 %) among ESBL-producing Enterobacteriaceae.