Characterization of Pseudomonas aeruginosa strains isolated from cystic fibrosis patients by different typing methods

Pseudomonas (P.) aeruginosa strains isolated from the sputum of cystic fibrosis patients (CFP) are frequently difficult to type by conventional typing methods. The purpose of this study was to develop a random amplified polymorphic DNA (RAPD) analysis for the routine typing of these strains. Sixty P. aeruginosa non-repetitive strains recovered from CFP in a teaching hospital were typed. Thirty-five non-serotyped strains were studied by RAPD-PCR analysis with primers 272 and 208. RAPD data were performed to establish the relatedness between bioptype, antibiotic susceptibility and genotype. Fifty-five percent of strains are multiresistant, and no relation was found between antibiotype and biotype. A possible correlation between various phenotypes belonging to a single genotype was observed. RAPD typing characterized 30 distinct genotypes and two small clusters of strains were observed among isolates with each primer. Strains belonging to one cluster were present in two (6%) of the 35 strains. Strains belonging to the other cluster were present in three (8%) of the 35 strains. The occurrence of these clusters indicates that cross-infection may occur. The results indicate also that only the RAPD method can establish a clonal relation whereas the other methods may only reflect phenotypical differences, and thus are inadequate to type these strains.

RésuméLes souches de Pseudomonas aeruginosa isolées du crachat des malades atteints de mucoviscidose sont souvent difficiles à typer par des méthodes conventionnelles. Le but de cette étude est de développer une méthode d’amplification arbitraire des fragments polymorphiques d’ADN (RAPD) pour le typage de routine de ces souches. Soixante souches non répétitives de P. aeruginosa isolées des malades atteints de mucoviscidose dans un CHU ont fait l’objet d’un typage. Trente-cinq souches non identifiées par sérotypage ont été analysées par RAPD-PCR avec les amorces 272 et 208. Les données obtenues par RAPD ont été utilisées pour établir la corrélation entre le biotypage, le test de sensibilité aux antibiotiques et le génotypage. Cinquante-cinq pour cent des souches sont multirésistantes, et aucune corrélation n’a été trouvée entre l’antibiotypage et le biotypage. Par ailleurs, une possible corrélation entre les divers phénotypes appartenant à un seul génotype a été observée. Trente génotypes distincts parmi les isolats avec chaque amorce ont été caractérisés par la méthode RAPD. Deux petits groupes de souches étaient observés parmi les isolats avec chacune des deux amorces (272 et 208) dont l’incidence est respectivement 6 et 8 %. La présence des ces profils RAPD semblables indique que l’infection croisée pourrait se produire. Les résultats suggèrent également que seule la méthode de RAPD est capable d’établir une relation clonale parmi les souches étudiées tandis que les autres méthodes pourraient seulement refléter des différences phénotypiques. Par conséquent, elles ne sont pas adéquates au typage de ces souches.