| Article ID | Journal | Published Year | Pages | File Type |
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| 4136346 | Pathologie Biologie | 2011 | 6 Pages |
BackgroundRotaviruses are the most frequent agents associated with diarrhoea in children worldwide. Analysis of mobility of the 11 segments of genomic RNA by polyacrylamide gel electrophoresis (PAGE) yields a pattern which is characteristic for a particular rotavirus isolate. The group A rotaviruses can be further characterized by analysis of VP7 and VP4 genes specificities, responsible for rotavirus classification into G and P genotypes, respectively. The aim of the present study was to detect a relationship between electropherotype pattern and molecular characteristics of the rotavirus strains.Material and methodsWere analyzed 278 rotavirus-positive specimens by PAGE and G/P-genotyped by multiplex semi-nested RT-PCR. Pearson's correlation tests were used for statistical analysis.ResultsTwelve different electropherotypes were visualized, eight with a long profile (186 cases) and four with a short one (87 cases). Concerning VP7 types, G2 viral strains were found to be predominant and were detected in 91 specimens (32.7%). Strains with G1, G3, G4, G8 and G9 specificities were detected in 62 (22.3%), 82 (29.5%), 13 (4.7%), two (0.7%) and seven cases (2.5%), respectively. The results of VP4 genotyping showed a predominance of P[8] genotype which comprised half of the strains identified (139 cases, 50%). VP4 P[4], P[6] and P[11] were found in 83 (29.9%), 31 (11.1%) and 11 (4.0%) specimens, respectively. A high rate of mixed strains was also found (1.8% mixed electropherotypes, 7.6% G-mixed and 5% P-mixed strains). Electropherotype pattern of rotavirus strains was significantly correlated with VP7 genotype (p = 0.018) and with VP4 genotype specificities (p < 0.001).
RésuméBut de l’étudeLes rotavirus sont les principaux agents étiologiques responsables de diarrhées infantiles au niveau mondial. La diversité génomique des rotavirus du groupe A peut être analysée par électrophorèse sur gel de polyacrylamide (PAGE) des 11 fragments d’ARN double brin génomiques, ou mieux par détermination des spécificités géniques VP7 et VP4, permettant ainsi une classification en génotypes G et P, respectivement. Le but du présent travail était de rechercher une association entre électrophorétypes et génotypes G/P des souches de rotavirus.Matériel et méthodesOnt été analysés 278 prélèvements positifs en rotavirus par PAGE puis génotypés par RT-PCR semi-nichées multiplex. L’analyse statistique a été réalisée par tests de corrélation de Pearson.RésultatsDouze électrophorétypes distincts ont été mis en évidence, huit avec un profil long (186 cas) et quatre avec un profil court (87 cas). Les souches de génotype VP7 G2 étaient prédominantes (91 cas, soit 32,7 %). Des souches de génotypes G1, G3, G4, G8 et G9 ont également été détectées dans 62 (22,3 %), 82 (29,5 %), 13 (4,7 %), deux (0,7 %) et sept cas (2,5 %), respectivement. Les résultats du typage VP4 ont montré une cocirculation des génotypes P[8], P[4], P[6] et P[11] respectivement retrouvés dans 139 (50 %), 83 (29,9 %), 31 (11,1 %) et 11 (4,0 %) prélèvements. Un nombre important de souches mixtes (1,8 % électrophorétypes mixtes, 7,6 % VP7-mixtes et 5 % VP4-mixtes) a également été détecté. Les profils électrophorétiques des souches de rotavirus étaient corrélés de façon significative avec les génotypes VP7 (p = 0,018) et les génotypes VP4 (p < 0,001) de ces souches.
