Génotypage du virus de l’hépatite C : comparaison du test Abbott RealTime HCV Genotype II au séquençage de la région NS5B

RésuméBut de l’étudeLe génotypage du virus de l’hépatite C est essentiel pour la prise en charge thérapeutique. Les résultats d’un test de génotypage basé sur la PCR en temps réel et la chimie TaqMan ont été comparés à ceux du séquençage de la région NS5B.Matériel et méthodesCent deux échantillons plasmatiques (génotypes 1 à 6) ont été étudiés. L’amplification et la détection des ARN viraux ont été réalisées avec le réactif Abbott RealTime HCV Genotype II ciblant la région 5’non codante (54NC), pour l’identification des génotypes 1 à 6, et NS5B, pour les sous-types 1a et 1b. En cas de discordance, le séquençage de la région 5′NC a été réalisé.RésultatsLe test Abbott a fourni un résultat pour tous les échantillons. La concordance avec le séquençage de la région NS5B était de 93 % (95 sur 102), 96 % (98 sur 102) pour le génotypage et 93 % (40 sur 43) pour le sous-typage. Les discordances de génotype concernaient un sous-type 2f typé 5, un sous-type 6a typé 1, un sous-type 3a identifié comme une co-infection 1-3 et un sous-type 4r identifié comme une co-infection 1-4. Les discordances de sous-type concernaient deux sous-types 1b rendus 1 et un sous-type 1e rendu 1a.ConclusionLe test Abbott RealTime HCV Genotype II permet la détermination rapide et entièrement automatisée du génotype viral. Il peut détecter de possibles co-infections virales pouvant avoir un impact négatif sur la réponse au traitement. Toutefois, les discordances retrouvées sur cette petite série soulignent la nécessité d’une optimisation du test.

Purpose of the studyHepatitis C virus genotyping is needed for treatment decision and monitoring. The results of a genotyping assay based on real-time PCR and TaqMan chemistry were compared with the results of NS5B region sequencing.Materials and methodsOne hundred and two sera (genotypes 1–6) were tested. Amplification and detection of viral RNA were performed with the Abbott RealTime HCV Genotype II assay targeting 5′non-coded region (5′NC) for the identification of genotypes 1 to 6 and NS5B, for 1a and 1b subtypes detection. Sequencing of 5′NC fragment was used to resolve discrepant results.ResultsNo indeterminate results were obtained. Concordance with NS5B sequencing was 93% (95 on 102), 96% at the genotype level (98 on 102) and 93% for genotype 1 subtyping (40 on 43). Discordant genotyping results were a 2f subtype identified as 5, a 6a typed as 1, a 3a identified as a 1-3 co-infection and a 4r identified as a 1-4 co-infection. Discordant subtyping results were 2 1b subtypes only typed as 1 and a 1e identified as 1a.ConclusionAbbott RealTime HCV Genotype II assay is a rapid, automated and simple to interpret method for HCV genotyping. It allows the detection of possible mixed infections which might have a negative impact on therapeutic response. However, the discrepant results found in this small series underline the need for assay optimization.