Dépistage et typage des infections à HPV par technique INNO-LiPA sur milieu liquide Easyfix Labonord après extraction QIAamp DNA Blood Mini Kit® Qiagen et Nuclisens easyMAG® Biomérieux

RésuméObjectifsL’objectif de cette étude est de valider l’utilisation du test INNO-LiPA HPV Genotyping Extra (Innogenetics) sur les milieux de cytologie liquide Easyfix Labonord en comparant une extraction avec le kit QIAamp DNA Blood Mini Kit® (Qiagen) et une méthode automatisée, Nuclisens easyMAG® (Biomérieux).MéthodesTrente-deux prélèvements ont été typés par la technique Hybrid Capture 2 (HC2) Digene (Qiagen). L’ADN a été extrait de façon manuelle ou automatisée et la qualité d’extraction contrôlée par une PCR « HLA ». Le typage a été réalisé avec le test INNO-LiPA. Une PCR nichée suivi d’un séquençage a permis de comparer les différents résultats.RésultatsDes résultats comparables sont retrouvés pour les deux types d’extraction, avec un gain de sensibilité après extraction automatisée. Parmi les neuf patientes présentant un résultat négatif avec le test HC2, sept ont un résultat négatif en INNO-LiPA et deux un résultat positif (un non typable et un HPV66). Concernant les 23 patientes avec un résultat positif avec le test HC2, 17 résultats sont concordants. Les six résultats discordants comprennent un négatif, un HPV54, deux HPV non typables et deux HPV53. La concordance globale entre les tests HC2 et INNO-LiPA est de 81 % avec un test κ de 0,79.ConclusionCouplé à une extraction automatisée, le test INNO-LiPA a confirmé sa très bonne sensibilité à détecter et à typer les HPV dans le milieu Easyfix Labonord, particulièrement en présence de multiples génotypes. Cette démarche de typage systématique devient de plus en plus pertinente dans le contexte de la vaccination HPV.

ObjectivesThe objective of this study is to validate the use of test INNO-LIPA HPV Genotyping Extra (Innogenetics) on liquid cytology media EasyFix Labonord by comparing the extraction kit QIAamp DNA Blood Mini Kit® (Qiagen) and an automated method, Nuclisens easyMAG® (Biomérieux).MethodsThirty-two samples were typed by the technique Hybrid Capture 2 (HC2) Digene (Qiagen). DNA was extracted through manual or automated extraction and quality controlled PCR “HLA”. Typing was performed with the INNO-LIPA test. A nested PCR followed by sequencing was used to compare different results.ResultsSimilar results were found for the two types of extraction, with an increase of sensitivity after automated extraction. Among the nine patients with a negative result with the HC2 test, seven had a negative result in INNO-LIPA and two a positive result (one untypable and one HPV66). On the 23 patients with a positive result with the HC2 test, 17 are consistent results. The six discordant results include one negative, one HPV54, two untypable HPV and two HPV53. The overall concordance between the HC2 and INNO-LIPA tests is 81 % with a κ test of 0.79.ConclusionCoupled with an automated extraction, the test INNO-LIPA confirmed its high sensitivity for detecting and typing HPV in the EasyFix media Labonord, especially in the presence of multiple genotypes. This typing systematic approach is becoming increasingly relevant in the context of HPV vaccination.