Routine use of real-time PCR for detection of Helicobacter pylori and of clarithromycin resistance mutations

SummaryObjectivesWe previously showed that real-time PCR was a reliable technique for coupled detection of Helicobacter pylori and clarithromycin resistance mutations directly from biopsies. After one year of use, we compared its performances to those of histology, which remains the most employed method for H. pylori detection from gastric biopsies.Materials and Methods518 subjects underwent endoscopy during the year 2003 with biopsies taken for H. pylori detection by histology, PCR, and in case of discrepancy between the two techniques, by culture.ResultsThe prevalence of infection, defined as positive PCR and histology, and in case of discrepancy as a positive culture, was 30% (163/518). The percentage of concordance between the two tests was 87.8% (455/518). The sensitivity, specificity, positive and negative predictive values of PCR were 98.2%, 97.5%, 94.7%, and 99.1%, respectively. The corresponding performances of histology were 87.7%, 91.3%, 82.2%, and 94.2%, respectively (p<0.001). The prevalence of clarithromycin resistance was 30%.ConclusionsPCR is more accurate in routine than histology and permits easy determination of clarithromycin resistance, which is useful in countries like France where the prevalence of resistance is high.

RésuméObjectifDans un travail préliminaire nous avions montré que la PCR en temps réel sur biopsies gastriques permettait de façon fiable de détecter à la fois Helicobacter pylori et d’éventuelles mutations de résistance à la clarithromycine. Après un an d’utilisation, nous avons comparé ses performances à celles de l’histologie, qui reste la technique de base pour la détection de H. pylori sur biopsies.Matériel et Méthodes518 patients ont bénéficié en 2003 d’une endoscopie avec réalisation de biopsies pour la recherche de H. pylori par histologie, PCR, et en cas de discordance entre ces deux techniques, également par culture.RésultatsLa prévalence de l’infection, définie par la positivité de l’histologie et de la PCR ou, en cas de discordance, par la positivité également de la culture, était de 30 % (163/518). Le pourcentage de concordance entre les deux tests était de 87,8 % (455/518). Les sensibilité, spécificité, valeurs prédictives positive et négative étaient pour la PCR respectivement de 98,2 %, 97,5%, 94,7 % et 99,1 %. Les performances correspondantes de l’histologie étaient de 87,7 %, 91,3 %, 82,2 % et 94,2 % (p < 0,001). La prévalence de la résistance à la clarithromycine était de 30 %.ConclusionsLa PCR est plus fiable en routine que l’histologie et permet de tester facilement la sensibilité à la clarithromycine, ce qui est utile dans les pays à prévalence de résistance élevée, comme la France.