New procedure for rapid identification of microorganisms causing urinary tract infection from urine samples by mass spectrometry (MALDI-TOF)

IntroductionMatrix assisted laser desorption/ionization-time of flight (MALDI-TOF) mass spectrometry is widely established as a technique in clinical microbiology laboratories for the identification of microorganisms. Using this technique, it is also possible to obtain the identification of microorganisms from untreated urine samples.MethodsIn this study, a differential centrifugation protocol and a criterion for validation of the results in order to achieve microbial identification from untreated urine samples are proposed. Additionally, the sensitivity of the analytical procedure in monobacterial urine samples has been evaluated.ResultsA 90% sensitivity (confidence interval of 81.96%–94.84%) was obtained in urine samples with bacterial counts of ≥1 × 105 CFU/ml, and it was possible to improve the percentages of direct identifications from urine samples with bacterial counts of <1 × 105 CFU/ml.ConclusionIt is concluded that the MALDI-TOF system is both fast and reliable in the identification of individual microorganisms from untreated urine samples with counts of ≥1 × 105 CFU/ml.

ResumenIntroducciónEl uso de la espectrometría de masas Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization-Time of Flight (MALDI-TOF) es una técnica implantada en los laboratorios de Microbiología Clínica que permite llevar a cabo la identificación de microorganismos. Una de las aplicaciones de esta técnica es la identificación a partir de muestra directa de orina.MétodosEn este estudio se propone un protocolo de centrifugación diferencial y un criterio de validación de los resultados para alcanzar la identificación microbiana a partir de muestra directa de orina. Adicionalmente se estudia la sensibilidad del procedimiento analítico en muestras de orina monomicrobianas.ResultadosLas orinas con recuentos ≥1 × 105 UFC/ml mostraron un 90% de sensibilidad (Intervalo de Confianza de 81.96%–94.84%) y se logró mejorar los porcentajes de identificación directa a partir de orinas con recuentas bacterianos <1 × 105 UFC/ml.ConclusionesLa espectrometría de masas MALDI-TOF es un sistema rápido y fiable para la identificación de microorganismos a partir de orinas monomicrobianas con recuentos ≥1 × 105 UFC/ml.