Molecular cloning, sequencing and phylogenetic analysis of inflammatory cytokines of swamp type buffalo contrasting with other bubaline breeds

The current research concerned in the cloning, sequencing and phylogenetic analysis of inflammatory cytokine (IL-1α, IL-1β, IL-6 and TNF-α) genes from swamp buffalo and two bubaline breeds, CB (cross between swamp and riverine type buffalo) and the Bulgarian Murrah buffalo. Multiple sequence comparison showed a high homology between the bubaline breeds, which ranged from 99.3% to 100.0% similarity, whereas from 98.6% to 99.0% compared to cattle. The phylogenetic analysis had confirmed and justified the degree of relationship between these bubaline species and their distinctness to each other by the bootstrap value (%) generated. These findings were discussed with particular attention to the diversity of the inflammatory cytokine proteins within closely related species. The result of this study concluded that a small difference in the cytokine structures might be the reason behind or has a contributory factor on the previous reports about the existence of disease resistance. However, in-depth study is necessary to further qualify these findings.

RésuméLa recherche en cours concerne le clonage, l’enchaînement séquentiel et l’analyse phylogénétique des gènes inflammatoires de cytokines (IL-1α, IL-1β, IL-6 et TNF-α) du buffle de marais et de deux races différentes de bubalines, les hybrides (hybridation entre le buffle de type marais et celui de type riverain) et le buffle bulgare de Murrah.. La comparaison des séquences multiples a révélé une homologie élevée entre les espèces de bubalines, avec un pourcentage de similitude se rangeant entre 99.3 et 100.0%, alors que les chiffres concernant le bétail font état d’un écart de 98.6 à 99.0%. L’analyse phylogénétique avait confirmé et justifié le degré de relations entre ces espèces de bubalines ainsi que leurs différenciations par la valeur de bootstrap (%) produite. Ces découvertes ont été discutées en tenant particulièrement compte de la diversité des protéines inflammatoires des cytokines à l’intérieur de groupes d’ espèces étroitement liées. Le résultat de cette étude a démontré que de petites différences dans les structures des cytokines pourraient être soit la raison de base soit un des facteurs qui contribuerait à expliquer pourquoi, dans les rapports précédents, l’ existence d’une résistance à la maladie avait été constatée. Toutefois, des recherches plus approfondies sont nécessaires pour justifier davantage de telles découvertes.