Genotyping of Edwardsiella tarda isolated from freshwater fish culture system

The applicability of PCR-RFLP of 16S rDNA and conventional phenotypic methods for differentiation of Edwardsiella tarda associated in freshwater fish culture system was studied. In this study, by conventional biochemical tests and antibiotic resistant patterns 2 and 14 groups were obtained. But these methods failed to discriminate the isolates habitat wise. However, PCR-RFLP of 16S rDNA was found to be specific to detect habitat-specific isolates. All the fish isolates belonging to particular genotypes were found only in fish, not in water or sediment. Some of the genotypes were exclusively present in water and sediment. This study indicates the prevalence of site-specific genotypes in freshwater ecosystems. Molecular method is found to be superior to discriminate the E. tarda habitat wise to conventional typing methods.

RésuméL’applicabilité de PCR - RFLP de l'ADN de 16S r et des méthodes phénotypiques conventionnelles pour la différentiation du tarda d'Edwardsiella associée dans le système d'eau douce de culture de poissons a été étudié. Par les essais biochimiques conventionnels et les modèles résistants antibiotiques deux et quatorze groupes ont été obtenus. Mais ces méthodes n'ont pas distingué l'habitat d'isolats sage. Cependant, PCR - RFLP de l'ADN de 16S r est avéré spécifique pour détecter les isolats spécifiques d'habitat. Tous les isolats de poissons appartenant aux génotypes particuliers ont été trouvés seulement dans les poissons pas en eau ou sédiment. Une partie du génotype était exclusivement présente en eau et sédiment. Cette étude indique la prédominance des génotypes emplacement-spécifiques dans des écosystèmes d'eau douce. La méthode moléculaire s'avère supérieure pour distinguer l'habitat de tarda d'Edwardsiella sage aux méthodes de dactylographie conventionnelles.