Identification of conserved lentiviral sequences as landmarks of genomic flexibility

La propagation des lentivirus utilisant des recombinaisons qui produisent des quasi-espèces (quasispecies), nous avons identifié et localisé des séquences grandement conservées qui peuvent jouer un rôle capital dans l'ontologie virale. La comparaison de 237 génomes complets de lentivirus humains, simiens et de mammifères non primates, ainsi que de 103 virus servant de contrôles négatifs, nous a permis d'identifier 28 Conserved Lentiviral Sequences (CLS). Elles sont surtout positionnées dans les gènes de structure en formant des zones très actives (hot spots), particulièrement dans les gènes gag et pol et, à moindre degré, dans les LTR et les gènes de régulation. Le profil de détection des CLS est le même pour les différents sous-types de VIH-1, à l'exception des souches VIH-1-O. Seules les CLS 3 et 4 ont été localisées à la fois dans certains oncornavirus (HTLV-1) et dans les virus simiens produisant des particules D, contrôles négatifs qui n'induisent pas d'immunodéficience et présentent une stabilité génétique. Les CLS divisent les génomes viraux en domaines, ce qui a permis de distinguer des familles de séquences établissant la notion de « soi d'espèce » (species self) ainsi que celle de « soi lentiviral » (lentiviral self). La plupart des CLS que nous avons précisément localisées dans les VIH-1 (82%) correspondent aux larges segments de recombinaison déjà publiés. Pour citer cet article : M.L.J. Moncany et al., C. R. Biologies 329 (2006).