Contributions of molecular phylogenetics to foraminiferal taxonomy: General overview and example of Pseudoeponides falsobeccarii Rouvillois, 1974

Molecular phylogenetics gives new insights into the taxonomy of foraminifera, independent of their morphology. After a survey of the present knowledge on how molecular phylogeny can contribute to foraminiferal taxonomy, we present an applied example. The comparison of ribosomal DNA (rDNA) sequences belonging to the SSU (Small Subunit) and LSU (Large Subunit) genes of Pseudoeponides falsobeccarii with other similar sequences of rotaliids available in GenBank shows that this species actually belongs to the genus Ammonia, because it groups inside the other Ammonia sequences instead of forming a distinct clade. Moreover, Ammonia falsobeccarii forms a clade well separated from other Ammonia phylotypes, meaning that it can be considered as a distinct species, and not as an ecophenotype of one of the other Ammonia species.

RésuméGrâce à la phylogénie moléculaire, il est possible d’aborder la taxonomie des foraminifères sous un nouvel angle, indépendant de la morphologie. Après un aperçu général des apports de la phylogénie moléculaire à la taxonomie des foraminifères, nous présentons un cas pratique. Des séquences appartenant aux gènes de la petite (18S) et de la grande sous-unités (28S) de l’ADN ribosomique (ADNr) de Pseudoeponides falsobeccarii ont été comparées à des séquences semblables de rotaliides disponibles dans GenBank. Leur analyse phylogénétique démontre que P. falsobeccarii appartient au genre Ammonia, parce que les séquences d’ADN de cette espèce se retrouvent à l’intérieur du clade formé par toutes les séquences d’Ammonia. À l’intérieur de ce clade, Ammonia falsobeccarii forme un groupe bien distinct des autres phylotypes décrits pour Ammonia, ce qui signifie que ce taxon peut être considéré comme une espèce séparée, plutôt qu’un écophénotype d’une autre espèce d’Ammonia.