کد مقاله | کد نشریه | سال انتشار | مقاله انگلیسی | نسخه تمام متن |
---|---|---|---|---|
5410065 | 1506553 | 2016 | 6 صفحه PDF | دانلود رایگان |
عنوان انگلیسی مقاله ISI
Multi-scale dynamics simulation of protein based on the generalized Langevin equation combined with 3D-RISM theory
دانلود مقاله + سفارش ترجمه
دانلود مقاله ISI انگلیسی
رایگان برای ایرانیان
کلمات کلیدی
موضوعات مرتبط
مهندسی و علوم پایه
شیمی
شیمی تئوریک و عملی
پیش نمایش صفحه اول مقاله
چکیده انگلیسی
A theory to realize a multiscale dynamics of protein is proposed based on the generalized Langevin equation combined with the 3D-RISM theory. The idea of normal mode analysis (NMA) is adopted to decouple the dynamics into different modes having respective time scales. In order to decouple the modes, the variance-covariance matrix concerning the structural fluctuation of protein in solution is diagonalized, instead of the Hessian matrix of a harmonic oscillator in vacuum. An algorithm to estimate the friction coefficient exerted on each atom of protein due to solvent is also proposed.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Journal of Molecular Liquids - Volume 217, May 2016, Pages 23-28
Journal: Journal of Molecular Liquids - Volume 217, May 2016, Pages 23-28
نویسندگان
Fumio Hirata, Bongsoo Kim,