Evidence for a higher resolution of HLA genotyping by a new NGS-based approach

With more than 16,000 alleles identified, the human leucocyte antigen (HLA) system is one of the most polymorphic regions of the human genome. Regarding the crucial role of HLA compatibility in transplantation and especially in Hematopoietic Stem Cell Transplantation, identification of HLA polymorphisms at a high-resolution level is of major interest. Recently, NGS technology has been proposed which appears to be simpler and more informative than the classical molecular methods such as SSP, SSOr and SBT. In the present report, a new set of NGS reagents and the appropriate associated software for sequence analysis are described. Through different studies, the performances of the system are illustrated and demonstrate that the method herein described overcomes current limitations in performing high-resolution HLA typing in clinical laboratories.

RésuméAvec plus de 16 000 allèles décrits, le système HLA est l'un des systèmes génétiques les plus polymorphes du génome humain. Si l'on considère le rôle crucial de la compatibilité HLA dans l'acceptation et le rejet de greffe, et ceci particulièrement en ce qui concerne la greffe de cellules souches hématopoïétiques, la détermination du génotype HLA du donneur et du receveur au plus haut niveau de résolution présente un intérêt majeur. Récemment, la technologie « Nouvelle génération de séquençage » (NGS) a été proposée pour le génotypage HLA, qui s'avère être plus simple d'utilisation, plus performante que les approches moléculaires jusque-là classiquement utilisées telles que la PCR SSO, le PCR-SSP et le séquençage par la méthode de Sanger. Cet article a pour objectif de présenter les résultats obtenus avec des nouveaux réactifs NGS et le logiciel associé. À partir de plusieurs études, les performances du système proposé seront décrites permettant de démontrer l'intérêt de la méthode pour optimiser la qualité et le niveau de résolution des typages et ainsi permettre aux laboratoires HLA de résoudre les difficultés rencontrées pour accéder à un haut niveau de résolution avec le minimum d'ambiguïtés.