کد مقاله | کد نشریه | سال انتشار | مقاله انگلیسی | نسخه تمام متن |
---|---|---|---|---|
10328714 | 684870 | 2005 | 10 صفحه PDF | دانلود رایگان |
عنوان انگلیسی مقاله ISI
Tandem cyclic alignment
دانلود مقاله + سفارش ترجمه
دانلود مقاله ISI انگلیسی
رایگان برای ایرانیان
کلمات کلیدی
موضوعات مرتبط
مهندسی و علوم پایه
مهندسی کامپیوتر
نظریه محاسباتی و ریاضیات
پیش نمایش صفحه اول مقاله
![عکس صفحه اول مقاله: Tandem cyclic alignment Tandem cyclic alignment](/preview/png/10328714.png)
چکیده انگلیسی
We present a solution for the following problem. Given two sequences X=x1x2â¯xn and Y=y1y2â¯ym, n⩽m, find the best scoring alignment of Xâ²=Xk[i] vs. Y over all possible pairs (k,i), for k=1,2,⦠and 1⩽i⩽n, where X[i] is the cyclic permutation of X starting at xi, Xk[i] is the concatenation of k complete copies of X[i] (k tandem copies), and the alignment must include all of Y and all of Xâ². Our algorithm allows any alignment scoring scheme with additive gap costs and uses O(nmlogn) time and O(nm) space. We use it to identify related tandem repeats in the C. elegans genome as part of the development of a multi-genome database of tandem repeats.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Discrete Applied Mathematics - Volume 146, Issue 2, 1 March 2005, Pages 124-133
Journal: Discrete Applied Mathematics - Volume 146, Issue 2, 1 March 2005, Pages 124-133
نویسندگان
Gary Benson,