کد مقاله | کد نشریه | سال انتشار | مقاله انگلیسی | نسخه تمام متن |
---|---|---|---|---|
1899913 | 1045186 | 2007 | 7 صفحه PDF | دانلود رایگان |
عنوان انگلیسی مقاله ISI
Analytic evaluation of the gradient and Hessian of molecular potential energy functions
دانلود مقاله + سفارش ترجمه
دانلود مقاله ISI انگلیسی
رایگان برای ایرانیان
کلمات کلیدی
موضوعات مرتبط
مهندسی و علوم پایه
ریاضیات
ریاضیات کاربردی
پیش نمایش صفحه اول مقاله
![عکس صفحه اول مقاله: Analytic evaluation of the gradient and Hessian of molecular potential energy functions Analytic evaluation of the gradient and Hessian of molecular potential energy functions](/preview/png/1899913.png)
چکیده انگلیسی
The three-dimensional structure of a protein is believed to be associated with the global minimum of its potential energy function ff. We can describe potential energy functions using Cartesian coordinates or internal coordinates (bond lengths, bond angles, and torsion angles). Analytic evaluation of the gradient of ff with respect to the internal coordinates requires O(N4)O(N4) steps, where NN is the number of atoms involved. We provide analytical expressions for the first and second derivatives of ff, with respect to the Cartesian coordinates, and prove that the gradient and Hessian can be evaluated in O(N2)O(N2), which is the same cost as is required to evaluate ff.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Physica D: Nonlinear Phenomena - Volume 227, Issue 2, 15 March 2007, Pages 135–141
Journal: Physica D: Nonlinear Phenomena - Volume 227, Issue 2, 15 March 2007, Pages 135–141
نویسندگان
Carlile Lavor,