کد مقاله | کد نشریه | سال انتشار | مقاله انگلیسی | نسخه تمام متن |
---|---|---|---|---|
4967825 | 1449377 | 2017 | 17 صفحه PDF | دانلود رایگان |
عنوان انگلیسی مقاله ISI
Estimating the speed-up of adaptively restrained Langevin dynamics
دانلود مقاله + سفارش ترجمه
دانلود مقاله ISI انگلیسی
رایگان برای ایرانیان
کلمات کلیدی
موضوعات مرتبط
مهندسی و علوم پایه
مهندسی کامپیوتر
نرم افزارهای علوم کامپیوتر
پیش نمایش صفحه اول مقاله
چکیده انگلیسی
We consider Adaptively Restrained Langevin dynamics, in which the kinetic energy function vanishes for small velocities. Properly parameterized, this dynamics makes it possible to reduce the computational complexity of updating inter-particle forces, and to accelerate the computation of ergodic averages of molecular simulations. In this paper, we analyze the influence of the method parameters on the total achievable speed-up. In particular, we estimate both the algorithmic speed-up, resulting from incremental force updates, and the influence of the change of the dynamics on the asymptotic variance. This allows us to propose a practical strategy for the parameterization of the method. We validate these theoretical results by representative numerical experiments.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Journal of Computational Physics - Volume 336, 1 May 2017, Pages 412-428
Journal: Journal of Computational Physics - Volume 336, 1 May 2017, Pages 412-428
نویسندگان
Zofia Trstanova, Stephane Redon,