کد مقاله | کد نشریه | سال انتشار | مقاله انگلیسی | نسخه تمام متن |
---|---|---|---|---|
6930194 | 867526 | 2016 | 10 صفحه PDF | دانلود رایگان |
عنوان انگلیسی مقاله ISI
Cell list algorithms for nonequilibrium molecular dynamics
ترجمه فارسی عنوان
الگوریتم های سلول لیستی برای دینامیک مولکولی ناپایدار
دانلود مقاله + سفارش ترجمه
دانلود مقاله ISI انگلیسی
رایگان برای ایرانیان
کلمات کلیدی
عدم همبستگی، دینامیک مولکولی، جریان طولانی مدت، لیست سلول،
موضوعات مرتبط
مهندسی و علوم پایه
مهندسی کامپیوتر
نرم افزارهای علوم کامپیوتر
چکیده انگلیسی
We present two modifications of the standard cell list algorithm that handle molecular dynamics simulations with deforming periodic geometry. Such geometry naturally arises in the simulation of homogeneous, linear nonequilibrium flow modeled with periodic boundary conditions, and recent progress has been made developing boundary conditions suitable for general 3D flows of this type. Previous works focused on the planar flows handled by Lees-Edwards or Kraynik-Reinelt boundary conditions, while the new versions of the cell list algorithm presented here are formulated to handle the general 3D deforming simulation geometry. As in the case of equilibrium, for short-ranged pairwise interactions, the cell list algorithm reduces the computational complexity of the force computation from O(N2) to O(N), where N is the total number of particles in the simulation box. We include a comparison of the complexity and efficiency of the two proposed modifications of the standard algorithm.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Journal of Computational Physics - Volume 315, 15 June 2016, Pages 211-220
Journal: Journal of Computational Physics - Volume 315, 15 June 2016, Pages 211-220
نویسندگان
Matthew Dobson, Ian Fox, Alexandra Saracino,