کد مقاله کد نشریه سال انتشار مقاله انگلیسی نسخه تمام متن
8644960 1569772 2018 6 صفحه PDF دانلود رایگان
عنوان انگلیسی مقاله ISI
Intronic antisense Alu elements have a negative splicing effect on the inclusion of adjacent downstream exons
ترجمه فارسی عنوان
عناصر Alu آنتی‌سنس اینترونی در فرایند اسپلایسینگ بر حفظ اگزون‌های پایین‌دست و مجاور خود اثر منفی‌ دارند
کلمات کلیدی
عناصر Alu، اسپلایسینگ جایگزین، آزمایش اسپلایسینگ مینی‌ژن، فاکتور اسپلایسینگ
فهرست مطالب مقاله
چکیده

کلمات کلیدی

1) مقدمه 

2. مواد و روش‌ها

۲.۱) ساختارهای مینی‌ژن

۲.۲) آزمایش اسپلایسینگ مینی‌ژن

شکل 1. ساختار مینی‌ژن ACAT1 و RT-PCR اختصاصی مینی‌ژن . الف) طرح کلی مینی‌ژن ACAT1 از اگزون ۹ تا اگزون ۱۱. جعبه‌های سفید و فلش‌های سفید به ترتیب اگزون ها و عناصر اصلی Alu را نشان می‌دهند. جعبه‌های خاکستری توالی وکتور pCAGGS را نشان می‌دهند. مینی‌ژن ACAT1 در اینترون ۹ و در اینترون ۱۰ با استفاده از آنزیم‌های محدودکننده کوتاه شده است.

3) نتایج

3.1) درج عناصر Alu بر پرش اگزون 10 تاثیرگذار بود

شکل 2. اثر درج یک قطعه شامل AluY-partial AluSz6-AluSx بر روی پرش اگزون ۱۰ با استفاده از چندین ساختار مینی‌ژن. 

3.2) تاثیر عناصر Alu به جهت درج آنها بستگی دارد

شکل ۳. اثر جهت و تعداد عناصر Alu 

3.3) پرش اگزونی نیازی به « آرایش سر به سر» دو عنصر  Aluندارد

شکل ۴. پرش اگزون 10 نیازی به «آرایش سر به سر» عناصر Alu ندارد. 

3.4) فاصله اگزون ۱۰ تا عنصر Alu درج شده طول پرش اگزون 10 را تحت تاثیر قرار داد

4) بحث

شکل ۵. اثر فاصله بین Alu آنتی‌سنس (‏AluSx) و اگزون ۱0 روی حذف اگزون. 

شکل ۶. اثر قدرت جایگاه پذیرنده اسپلایسینگ بر روی اثر فاصله. 

شکل 7. مقایسه شماتیکی دو ساختار اسپلایسینگ RABL5 و ACAT1 تغییر داده‌شده.

 
ترجمه چکیده
عناصر Alu 10% از ژنوم انسان را تشکیل می‌دهند؛ اگرچه این عناصر در تنوع ژنومی و ترانسکریپتومی نقش دارند، عملکرد آن‌ها هنوز هم به‌طور کامل درک نشده است. فرضیه ما این بود که عناصر Alu احتمالا در اسپلایسینگ جایگزین نقش دارند. بنابراین، ما اثر آن‌ها را بر فرایند اسپلایسینگ با استفاده از ساختارهای مینی‌ژن شامل اگزون ۹ تا اگزون ۱۱ که دربرگیرنده ژن ACAT1 با اینترون‌های کوتاه شده ۹ و ۱۰ بود را بررسی کردیم. این ساختارها حاوی یک جایگاه پذیرنده اسپلایسینگ زیربهینه برای اینترون ۹ هستند. درج AluY–partial AluSz6–AluSx که جایگاه اصلی‌اش در اینترون 5 ژن ACAT1 است، در جهت آنتی‌سنس اینترون 9، بر حفظ اگزون 10 اثر منفی داشت؛ زمانی که در افزاینده اسپلایسینگ اگزونی اگزون 10 جهش رخ داد این اثر بیشتر شد و با جایگزین کردن باز G به جای C در نوکلئوتید اول اگزون ۱۰، که جایگاه پذیرنده اسپلایسینگ در اینترون ۹ را بهینه‌سازی می‌کند، اثر آن خنثی ‌می‌شد. درج AluY-partial AluSz6-AluSx در جهت سنس هیچ تاثیری بر حفظ اگزون ۱۰ نداشت و درج AluSx در جهت آنتی‌سنس به تنهایی اثری همانند درج AluY-partial AluSz6-AluSx در جهت آنتی‌سنس داشت. هرچه فاصله بین عنصر Aluآنتی‌سنس و اگزون ۱۰ کوتاه‌تر باشد، اثر منفی آن بر حفظ اگزون ۱۰ بیشتر خواهد بود. اثر این فاصله برای جایگاه‌های اسپلایسینگ زیربهینه مشهودتر از جایگاه‌های بهینه بود. براساس داده‌های جمع‌آوری‌شده گمان می‌کنیم که عناصر Alu آنتی‌سنس اینترونی در اسپلایسینگ جایگزین و تنوع ترانسکریپتومی برخی ژن‌ها نقش دارند، به‌خصوص زمانی که جایگاه‌های پذیرنده اسپلایسینگ، زیربهینه باشند.
موضوعات مرتبط
علوم زیستی و بیوفناوری بیوشیمی، ژنتیک و زیست شناسی مولکولی ژنتیک
پیش نمایش مقاله
عناصر Alu آنتی‌سنس اینترونی در فرایند اسپلایسینگ بر حفظ اگزون‌های پایین‌دست و مجاور خود اثر منفی‌ دارند
چکیده انگلیسی
Alu elements occupy 10% of the human genome. However, although they contribute to genomic and transcriptomic diversity, their function is still not fully understood. We hypothesized that intronic Alu elements may contribute to alternative splicing. We therefore examined their effect on splicing using minigene constructs including exon 9-exon 11 inclusive of ACAT1 with truncated introns 9 and 10. These constructs contained a suboptimal splice acceptor site for intron 9. Insertion of AluY-partial AluSz6-AluSx, originally located in ACAT1 intron 5, in an antisense direction within intron 9 had a negative effect on exon 10 inclusion. This effect was additive with that of an exonic splicing enhancer mutation in exon 10, and was canceled by the substitution of G for C at the first nucleotide of exon 10 which optimized the splice acceptor site of intron 9. A sense AluY-partial AluSz6-AluSx insertion had no effect on exon 10 inclusion, and one antisense AluSx insertion had a similar effect to antisense AluY-partial AluSz6-AluSx insertion. The shorter the distance between the antisense Alu element and exon 10, the greater the negative effect on exon 10 inclusion. This distance effect was more evident for suboptimal than optimal splice sites. Based on our data, we propose that intronic antisense Alu elements contribute to alternative splicing and transcriptomic diversity in some genes, especially when splice acceptor sites are suboptimal.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Gene - Volume 664, 20 July 2018, Pages 84-89
نویسندگان
, , , , , , ,