کد مقاله | کد نشریه | سال انتشار | مقاله انگلیسی | نسخه تمام متن |
---|---|---|---|---|
10355238 | 867118 | 2005 | 10 صفحه PDF | دانلود رایگان |
عنوان انگلیسی مقاله ISI
Indexing genomic sequence libraries
دانلود مقاله + سفارش ترجمه
دانلود مقاله ISI انگلیسی
رایگان برای ایرانیان
کلمات کلیدی
موضوعات مرتبط
مهندسی و علوم پایه
مهندسی کامپیوتر
نرم افزارهای علوم کامپیوتر
پیش نمایش صفحه اول مقاله
چکیده انگلیسی
This paper describes an extensible, open-source (GPL) data repository and retrieval system that supports fast, efficient, keyword based retrieval of genomic sequences from multiple libraries with retrieved sequences post-processed by FASTA, Smith-Waterman and other analysis software. This application is implemented for Linux and is written in Mumps, C, and C++ with supporting components that include the Berkeley Data Base, the Perl Compatible Regular Expression Library, GLADE, and tools such as FASTA, Smith-Waterman, and modules from EMBOSS. The package described here can quickly index data sets of up to 256 terabytes using a B-tree based multi-dimensional data model. An example is presented that indexes the text of the full NCBI Genbank library.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Information Processing & Management - Volume 41, Issue 2, March 2005, Pages 265-274
Journal: Information Processing & Management - Volume 41, Issue 2, March 2005, Pages 265-274
نویسندگان
Kevin C. O'Kane, Matthew J. Lockner,