Emerging themes in the computational design of novel enzymes and protein-protein interfaces

سال های اخیر اولین برنامه های کاربردی طراحی پروتئین محاسباتی را برای تولید کاتالیست های جدید، جفت های اتصال پروتئین ها، مهار کننده های پروتئینی و مجموعه های بزرگ الیگومری دیده اند. در هسته آنها این روش ها به یک تابع انرژی ترکیبی مشابه متشکل از اصطلاحات مشتق شده از فیزیک و پایگاه داده متکی هستند، در حالی که روش های نمونه گیری متنوع و متناهی برای هر دسته طراحی استفاده می شود. اگر چه این اولین گام برای طراحی محاسباتی تابع جدید است، ساختارهای کریستال و خصوصیات بیوشیمیایی قبلا اشاره می کنند که در استفاده از طراحی پروتئین احتمال موفقیت و شکست وجود دارد. تلاش های طراحی سازگار با شکست مواجه و موفقیت آمیز برای تشخیص کمبودها در رویکردها و عملکرد تابع انرژی هیبریدی مورد استفاده قرار گرفته است. به این ترتیب، طراحی یک مکانیزم ذاتی را فراهم می سازد که از طریق آن اطلاعات مهم در مورد مناطق تحت فشار قرار می گیرد که در آن تلاش های متمرکز برای بهبود روش ها مورد نیاز است. از طرح های موفقیت آمیز، بسیاری از ویژگی های سایت های پیش از سازماندهی است که به دنبال انجام وظیفه در نظر گرفته شده خود هستند، و بهبود اغلب ناشی از اختلال در حالت های غیرقابل عملیات جایگزین جایگزین است. این پیشرفت های سریع و بینش های اساسی به این ترتیب به وعده تبدیل شدن به طراحی محاسباتی تابع مولکولی جدید، عمیق و معمولی انجامیده است.