کد مقاله کد نشریه سال انتشار مقاله انگلیسی نسخه تمام متن
10871039 1074032 2013 8 صفحه PDF دانلود رایگان
عنوان انگلیسی مقاله ISI
Emerging themes in the computational design of novel enzymes and protein-protein interfaces
ترجمه فارسی عنوان
تم های جدید در طراحی محاسباتی از آنزیم های جدید و رابط های پروتئین-پروتئین
ترجمه چکیده
سال های اخیر اولین برنامه های کاربردی طراحی پروتئین محاسباتی را برای تولید کاتالیست های جدید، جفت های اتصال پروتئین ها، مهار کننده های پروتئینی و مجموعه های بزرگ الیگومری دیده اند. در هسته آنها این روش ها به یک تابع انرژی ترکیبی مشابه متشکل از اصطلاحات مشتق شده از فیزیک و پایگاه داده متکی هستند، در حالی که روش های نمونه گیری متنوع و متناهی برای هر دسته طراحی استفاده می شود. اگر چه این اولین گام برای طراحی محاسباتی تابع جدید است، ساختارهای کریستال و خصوصیات بیوشیمیایی قبلا اشاره می کنند که در استفاده از طراحی پروتئین احتمال موفقیت و شکست وجود دارد. تلاش های طراحی سازگار با شکست مواجه و موفقیت آمیز برای تشخیص کمبودها در رویکردها و عملکرد تابع انرژی هیبریدی مورد استفاده قرار گرفته است. به این ترتیب، طراحی یک مکانیزم ذاتی را فراهم می سازد که از طریق آن اطلاعات مهم در مورد مناطق تحت فشار قرار می گیرد که در آن تلاش های متمرکز برای بهبود روش ها مورد نیاز است. از طرح های موفقیت آمیز، بسیاری از ویژگی های سایت های پیش از سازماندهی است که به دنبال انجام وظیفه در نظر گرفته شده خود هستند، و بهبود اغلب ناشی از اختلال در حالت های غیرقابل عملیات جایگزین جایگزین است. این پیشرفت های سریع و بینش های اساسی به این ترتیب به وعده تبدیل شدن به طراحی محاسباتی تابع مولکولی جدید، عمیق و معمولی انجامیده است.
موضوعات مرتبط
علوم زیستی و بیوفناوری علوم کشاورزی و بیولوژیک دانش گیاه شناسی
چکیده انگلیسی
Recent years have seen the first applications of computational protein design to generate novel catalysts, binding pairs of proteins, protein inhibitors, and large oligomeric assemblies. At their core these methods rely on a similar hybrid energy function, composed of physics-based and database-derived terms, while different sequence and conformational sampling approaches are used for each design category. Although these are first steps for the computational design of novel function, crystal structures and biochemical characterization already point out where success and failure are likely in the application of protein design. Contrasting failed and successful design attempts has been used to diagnose deficiencies in the approaches and in the underlying hybrid energy function. In this manner, design provides an inherent mechanism by which crucial information is obtained on pressing areas where focused efforts to improve methods are needed. Of the successful designs, many feature pre-organized sites that are poised to perform their intended function, and improvements often result from disfavoring alternative functionally suboptimal states. These rapid developments and fundamental insights obtained thus far promise to make computational design of novel molecular function general, robust, and routine.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: FEBS Letters - Volume 587, Issue 8, 17 April 2013, Pages 1147-1154
نویسندگان
, ,