Optimizing HSQC experiment for the observation of exchange broadened signals in RNA–protein complexes

Sites for interaction in protein–RNA complexes are often regions of conformational exchange. Although the study of exchange processes could bring valuable information about the recognition mode between protein and RNA, chemical exchange can be detrimental to the NMR spectra quality, resulting in broad, very weak or even unobservable signals. In the present report, we used CPMG-like experiments to improve HSQC spectra of an RNA–protein complex in fast exchange on the chemical shift time scale. The use of such improvement will allow us to handle the resolution of the three-dimensional structure of the complex by NMR.

RésuméLes sites d'interaction des complexes ARN–protéine sont souvent des régions d'échange conformationnel. Même si l'étude de ces échanges peut apporter des informations importantes sur le mode de reconnaissance ARN–protéine, l'échange chimique est souvent une cause de mauvaise qualité des spectres RMN en donnant lieu à des signaux larges, de faible intensité et parfois non observables. Dans ce travail, nous avons utilisé des blocs CPMG pour améliorer l'intensité des signaux des spectres HSQC d'un complexe ARN–protéine en équilibre intermédiaire–rapide à l'échelle de temps spectrale. Cette amélioration nous permet maintenant d'envisager de résoudre la structure de ce complexe par RMN.