کد مقاله | کد نشریه | سال انتشار | مقاله انگلیسی | نسخه تمام متن |
---|---|---|---|---|
2187920 | 1096145 | 2007 | 8 صفحه PDF | دانلود رایگان |
عنوان انگلیسی مقاله ISI
Folding Time Predictions from All-atom Replica Exchange Simulations
دانلود مقاله + سفارش ترجمه
دانلود مقاله ISI انگلیسی
رایگان برای ایرانیان
کلمات کلیدی
موضوعات مرتبط
علوم زیستی و بیوفناوری
بیوشیمی، ژنتیک و زیست شناسی مولکولی
بیولوژی سلول
پیش نمایش صفحه اول مقاله
چکیده انگلیسی
We present an approach to predicting the folding time distribution from all-atom replica exchange simulations. This is accomplished by approximating the multidimensional folding process as stochastic reaction-coordinate dynamics for which effective drift velocities and diffusion coefficients are determined from the short-time replica exchange simulations. Our approach is applied to the folding of the second β-hairpin of the B domain of protein G. The folding time prediction agrees quite well with experimental measurements. Therefore, we have in hand a fast numerical tool for calculating the folding kinetic properties from all-atom “first-principles” models.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Journal of Molecular Biology - Volume 372, Issue 3, 21 September 2007, Pages 756–763
Journal: Journal of Molecular Biology - Volume 372, Issue 3, 21 September 2007, Pages 756–763
نویسندگان
Sichun Yang, José N. Onuchic, Angel E. García, Herbert Levine,