Sequencing of the mitochondrial genome of the avocado lace bug Pseudacysta perseae (Heteroptera, Tingidae) using a genome skimming approach

Lace bugs (Tingidae) are a family of phytophagous heteropterans, some of which are important agricultural and forestry pests. They currently comprise around 2500 species distributed worldwide, for which only one mitochondrial genome has been described so far. We sequenced the complete mitochondrial genome and the nuclear ribosomal gene segment of the avocado lace bug Pseudacysta perseae using a genome skimming approach on an Illumina Hiseq 2000 platform. Fifty-four additional heteropteran mitogenomes, including the one of the sycamore lace bug Corythucha ciliata, were retrieved to allow for comparisons and phylogenetic analyses. P. perseae mitochondrial genome was determined to be 15,850 bp long, and presented the typical organisation of insect mitogenomes. The phylogenetic analysis placed P. perseae as a sister to C. ciliata but did not confirm the monophyly of Miroidae including Tingidae. Our results contradicted widely accepted phylogenetic hypothesis, which highlights the limits of analyses based on mitochondrial data only. Shotgun sequencing approaches should provide substantial improvements in harmonizing mitochondrial and nuclear databases.

RésuméLes tingidés (Tingidae) sont une famille d’hétéroptères phytophages, dont certains sont d’importants ravageurs agricoles et forestiers. Ils comprennent actuellement environ 2500 espèces distribuées à travers le monde, pour lesquelles un seul génome mitochondrial a été décrit. Nous avons séquencé le génome mitochondrial complet et les gènes ribosomiques nucléaires du tigre de l’avocatier Pseudacysta perseae avec une approche d’écrémage de génome sur une plateforme Illumina Hiseq 2000. Cinquante-quatre autres mitogénomes d’hétéroptères, dont celui du tigre du platane Corythucha ciliata, ont été récupérés pour permettre des comparaisons et une analyse phylogénétiques. Le génome mitochondrial de P. perseae est long de 15 850 paires de bases et présente l’organisation typique des mitogénomes d’insectes. L’analyse phylogénétique place P. perseae comme groupe frère de C. ciliata, mais ne confirme pas la monophylie de Miroidae, incluant Tingidae. Notre analyse contredit des hypothèses phylogénétiques largement acceptées, ce qui souligne les limites des analyses basées uniquement sur de l’ADN mitochondrial. Les approches de séquençage aléatoire devraient apporter d’importantes améliorations dans l’harmonisation des bases de données mitochondriales et nucléaires.