Alignment free characterization of the influenza-A hemagglutinin genes by the ISSCOR method

Analyses and visualizations by the ISSCOR method of the influenza virus hemagglutinin genes of three different A-subtypes revealed some rather striking temporal (for A/H3N3), and spatial relationships (for A/H5N1) between groups of individual gene subsets. The application to the A/H1N1 set revealed also relationships between the seasonal H1, and the swine-like novel 2009 H1 v variants in a quick and unambiguous manner. Based on these examples we consider the application of the ISSCOR method for analysis of large sets of homologous genes as a worthwhile addition to a toolbox of genomics–it allows a rapid diagnostics of trends, and possibly can even aid an early warning of newly emerging epidemiological threats.

RésuméLa méthode ISSCOR a été utilisée pour analyser les gènes codant l’hémagglutinine dans trois sous-types A des virus responsables de grippes. Cette étude révèle de remarquables liens entre sous-ensembles de gènes, en termes temporel (A/H3N3) et spatiales (A/H5N1). Appliquée au sous-type A/H1N1, la méthode ISSCOR révèle aussi, de manière non-ambiguë, des relations entre les virus H1 saisonniers et les variants, dits de la grippe porcine H1 v, apparus en 2009. Ces exemples montrent que ISSCOR est une méthode originale qui peut enrichir la panoplie dont dispose la génomique pour l’analyse de grands ensembles de gènes homologues – elle permet un diagnostic rapide des mouvances génétiques et pourrait contribuer à une alerte précoce devant de nouveaux dangers épidémiques.