The Génolevures database

The Génolevures online database (URL: http://www.genolevures.org) stores and provides the data and results obtained by the Génolevures Consortium through several campaigns of genome annotation of the yeasts in the Saccharomycotina subphylum (hemiascomycetes). This database is dedicated to large-scale comparison of these genomes, storing not only the different chromosomal elements detected in the sequences, but also the logical relations between them. The database is divided into a public part, accessible to anyone through Internet, and a private part where the Consortium members make genome annotations with our Magus annotation system; this system is used to annotate several related genomes in parallel. The public database is widely consulted and offers structured data, organized using a REST web site architecture that allows for automated requests. The implementation of the database, as well as its associated tools and methods, is evolving to cope with the influx of genome sequences produced by Next Generation Sequencing (NGS).

RésuméLa base de données Génolevures En Ligne (URL : http://www.genolevures.org) stocke et fournit les données et résultats obtenus par le Consortium Génolevures à la suite de plusieurs campagnes d’annotation de génomes de levures du subphylum des Saccharomycotina (hémiascomycètes). Cette base de données est dédiée aux comparaisons à grande échelle de ces génomes, contenant non seulement les différents éléments chromosomiques détectés dans les séquences, mais aussi leurs relations logiques. La base de données est divisée en une partie publique accessible à tous par Internet, et une partie privée où les membres du Consortium annotent des génomes avec notre système d’annotation Magus ; ce système permet d’annoter plusieurs génomes apparentés en parallèle. La base de données publique est largement consultée et offre des données structurées selon l’architecture REST qui permet des requètes automatiques. L’implémentation de la base de données ainsi que les outils et méthodes associés évoluent pour faire face à l’afflux de séquences génomiques produites par le séquençage Next Generation Sequencing (NGS).