The intronome of budding yeasts

Whatever their abundance in genomes, spliceosomal introns are the signature of eukaryotic genes. The sequence of Saccharomyces cerevisiae, achieved fifteen years ago, revealed that this yeast has very few introns, but conserved intron boundaries typical for an intron definition mechanism. With the improvement and the development of new sequencing technologies, yeast genomes have been extensively sequenced during the last decade. We took advantage of this plethora of data to compile and assess the intron content of the protein-coding genes of 13 genomes representative of the evolution of hemiascomycetous yeasts. We first observed that intron paucity is a general rule and that the fastest evolving genomes tend to lose their introns more rapidly (e.g. S. cerevisiae versus Yarrowia lipolytica). Noticeable differences were also confirmed for 5’ splice sites and branch point sites (BP) as well as for the relative position of the BP. These changes seemed to be correlated with the lineage specific evolution of splicing factors.

RésuméQuelle que soit leur abondance dans les génomes, les introns splicéosomaux sont la signature des gènes eucaryotes. La séquence de Saccharomyces cerevisiae achevée il y a maintenant quinze ans, a révélé que cette levure possédait très peu d’introns mais de séquences consensus très conservées témoignant d’un mécanisme de type intron définition. Grâce à l’amélioration et au développement de nouvelles technologies de séquençage, de nombreux génomes de levure ont été séquencés au cours de la dernière décennie. Nous avons profité de cette pléthore de données pour compiler et évaluer le contenu en intron chez 13 génomes représentatifs de l’évolution des levures hémiascomycètes. Nous avons observé que tous les hémiascomycètes sont pauvres en introns et que les génomes dont l’évolution est la plus rapide ont tendance à perdre leurs introns plus rapidement (e.g. S. cerevisiae par rapport à Yarrowia lipolytica). Des différences notables ont également été confirmées pour les sites donneurs et le point de branchement (BP) ainsi que pour les distances les séparant. Ces changements semblent corrélés à l’évolution spécifique de certains facteurs d’épissage.