Soil microbial diversity: Methodological strategy, spatial overview and functional interest

Since the development of industrialization, urbanization and agriculture, soils have been subjected to numerous variations in environmental conditions, which have resulted in modifications of the taxonomic diversity and functioning of the indigenous microbial communities. As a consequence, the functional significance of these losses/modifications of biodiversity, in terms of the capacity of ecosystems to maintain the functions and services on which humanity depends, is now of pivotal importance. In this context, one of the main challenges in soil microbial ecology is to better understand and predict the processes that drive soil microbial diversity and the link between diversity and ecosystem process. This review describes past, present and ongoing conceptual and methodological strategies employed to better assess and understand the distribution and evolution of soil microbial diversity with the aim of increasing our capacity to translate such diversity into soil biological functioning and, more widely, into ecosystem services.

RésuméDepuis le développement de l’industrialisation, de l’urbanisation et de l’agriculture intensive, le sol est de plus en plus soumis à de nombreuses variations des conditions environnementales entraînant des modifications de la diversité taxonomique et de la fonctionnalité des communautés microbiennes indigènes. Par conséquent, la question de la signification fonctionnelle de ces pertes/modifications de biodiversité en termes de capacité des écosystèmes à maintenir les fonctions et services dont l’humanité dépend est aujourd’hui centrale. Dans ce contexte, un des challenges en écologie microbienne est de mieux définir et comprendre les processus qui génèrent et maintiennent la diversité microbienne des sols ainsi que le lien entre cette diversité et les services écosystémiques. Dans cette revue nous avons voulu décrire les stratégies conceptuelles et méthodologiques passées, présentes et à développer en écologie microbienne pour mieux décrire et comprendre les modes de régulation et de distribution de la diversité microbienne des sols avec l’objectif d’améliorer nos capacités de traduction de cette diversité en fonctionnement biologique du sol, et plus largement, en services écosystémiques.