Patterns of genetic structure among Hawaiian corals of the genus Pocillopora yield clusters of individuals that are compatible with morphology

Six variable sequence markers are developed and analyzed to find out species boundaries in Hawaiian corals of the genus Pocillopora: the putative mitochondrial control region; a recently discovered, hypervariable mitochondrial open reading frame; the internal transcribed spacer 2 (ITS2), located in the nuclear ribosomal DNA; three nuclear introns of calmodulin, elongation factor-1α and the ATP synthase β subunit. Using the first two markers, we identify five distinct mitochondrial lineages and these lineages are compatible with morphology. The situation is more complex with nuclear markers since more than two haplotypes are observed in some individuals. To detect clusters of individuals, haplotype networks are constructed with additional connections drawn between co-occurring haplotypes to delineate potential fields for recombination: few clusters of nuclear haplotypes are found to correspond to clusters of individuals, but those that are detected (mostly in the ITS2 dataset) are also compatible with morphology. To cite this article: J.-F. Flot et al., C. R. Biologies 331 (2008).

RésuméSix marqueurs de séquence variables sont développés et analysés pour déterminer les frontières interspécifiques chez les coraux du genre Pocillopora à Hawaii : la région de contrôle putative, une région codante mitochondriale hypervariable, le deuxième espaceur ribosomique (ITS2) et trois introns nucléaires des gènes de la calmoduline, du facteur d'élongation-1α et de la sous-unité β de l'ATP synthétase. Les deux premiers marqueurs nous permettent d'identifier cinq lignées mitochondriales distinctes et compatibles avec la morphologie. La situation est plus complexe pour les marqueurs nucléaires, puisque plus de deux haplotypes sont observés chez certains individus. Afin de détecter les groupes d'individus, nous construisons des réseaux d'haplotypes sur lesquels nous délimitons des champs de recombinaison potentiels en reliant par des connections supplémentaires les haplotypes trouvés en cooccurrence : peu de groupes d'haplotypes nucléaires correspondent à des groupes d'individus, mais les groupes d'individus détectés (pour la plupart dans le jeu de données ITS2) sont aussi compatibles avec la morphologie. Pour citer cet article : J.-F. Flot et al., C. R. Biologies 331 (2008).