Model of interactions in biology and application to heterogeneous network in yeast

A major challenge for bioinformatics and theoretical biology is to build and analyse a unified model of biological knowledge resulting from high-throughput experiment data. Former work analyzed heterogeneous data (protein–protein interactions, genetic regulation, metabolism, synexpression) by modelling them by graphs. These models are unable to represent the qualitative dynamics of the reactions or to model the n-ary interactions. Here, MIB, the Model of Interactions in Biology, a bipartite model of biological networks, is introduced, and its use for topological analysis of the heterogeneous network is presented. Heterogeneous loops and links between synexpression pattern and underlying molecular mechanisms are proposed. To cite this article: S. Smidtas et al., C. R. Biologies 329 (2006).

RésuméUn défi important pour la bioinformatique et la biologie théorique est de construire un modèle unifié qui intégre de nombreuses connaissances biologiques, issues notamment d'expériences haut débit, et qui permette leur analyse. Des travaux antérieurs ont analysé des données hétérogènes (interactions protéiques, régulation génétique, métabolisme, synexpression), en les modélisant par des graphes. Toutefois, ces modèles ne sont capables, ni de représenter la dynamique qualitative des réactions biochimiques, ni de modéliser les interactions n-aires. Un modèle bipartite des réseaux hétérogènes MIB (modèle d'interactions biologiques), est présenté et illustré par les résultats d'analyse des boucles régulatoires hétérogènes ainsi que des mécanismes moléculaires sous-jacents à la synexpression des gènes. Pour citer cet article : S. Smidtas et al., C. R. Biologies 329 (2006).