کد مقاله | کد نشریه | سال انتشار | مقاله انگلیسی | نسخه تمام متن |
---|---|---|---|---|
442993 | 692450 | 2007 | 11 صفحه PDF | دانلود رایگان |
عنوان انگلیسی مقاله ISI
A new methodology for the simulation of flexible protein–ligand interactions
دانلود مقاله + سفارش ترجمه
دانلود مقاله ISI انگلیسی
رایگان برای ایرانیان
کلمات کلیدی
موضوعات مرتبط
مهندسی و علوم پایه
شیمی
شیمی تئوریک و عملی
پیش نمایش صفحه اول مقاله

چکیده انگلیسی
A methodology has been developed for the simulation of induced fit between a ligand and its target protein. It utilizes constrained molecular dynamics where atoms determined to be immobile from difference distance matrix studies are fixed. Application of this methodology to HIV-1 reverse transcriptase (RT) as the example target protein has demonstrated its robustness. Short simulation times are sufficient to achieve good refinement of docking poses resulting from exchange of structurally dissimilar inhibitors between crystal structures.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Journal of Molecular Graphics and Modelling - Volume 26, Issue 1, July 2007, Pages 187–197
Journal: Journal of Molecular Graphics and Modelling - Volume 26, Issue 1, July 2007, Pages 187–197
نویسندگان
James Garner, John Deadman, David Rhodes, Renate Griffith, Paul A. Keller,