کد مقاله | کد نشریه | سال انتشار | مقاله انگلیسی | نسخه تمام متن |
---|---|---|---|---|
524148 | 868560 | 2008 | 11 صفحه PDF | دانلود رایگان |
عنوان انگلیسی مقاله ISI
Integrating FPGA acceleration into HMMer
دانلود مقاله + سفارش ترجمه
دانلود مقاله ISI انگلیسی
رایگان برای ایرانیان
کلمات کلیدی
موضوعات مرتبط
مهندسی و علوم پایه
مهندسی کامپیوتر
نرم افزارهای علوم کامپیوتر
پیش نمایش صفحه اول مقاله
چکیده انگلیسی
HMMer is a commonly used package for biological sequence database searching with profile hidden Markov model (HMMs). It allows researchers to compare HMMs to sequence databases or sequences to HMM databases. However, such searches often take many hours on traditional computer architectures. These runtime requirements are likely to become even more severe due to the rapid growth in size of both sequence and model databases. We present a new reconfigurable architecture to accelerate the two HMMer database search procedures hmmsearch and hmmpfam. It is described how this leads to significant runtime savings on off-the-shelf field-programmable gate arrays (FPGAs).
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Parallel Computing - Volume 34, Issue 11, November 2008, Pages 681–691
Journal: Parallel Computing - Volume 34, Issue 11, November 2008, Pages 681–691
نویسندگان
Tim Oliver, Leow Yuan Yeow, Bertil Schmidt,