کد مقاله کد نشریه سال انتشار مقاله انگلیسی نسخه تمام متن
5759887 1623774 2018 25 صفحه PDF دانلود رایگان
عنوان انگلیسی مقاله ISI
A new probability method to understand protein-protein interface formation mechanism at amino acid level
ترجمه فارسی عنوان
یک روش احتمال جدید برای درک مکانیسم تشکیل پروتئین-پروتئین در سطح اسید آمینه
کلمات کلیدی
مکانیسم تشکیل پروتئین-پروتئین، روش احتمالی، سطح اسید آمینه، ویژگی های هندسی
ترجمه چکیده
تعاملات و تشخیص پروتئین-پروتئین برای موجودات برای انجام بسیاری از فرآیندهای سلولی ضروری است. ترکیبات مجتمع پروتئین-پروتئین ها کلید شناخت مکانیزم های مولکولی این پروسه ها هستند. مطالعات زیادی در مورد شناسایی رابط نزدیک بین بنیادی برای تعاملات پروتئین و پروتئین وجود دارد، اما مکانیسم تشکیل پروتئین-پروتئین هنوز هم مبهم است. در اینجا ما یک روش احتمالی جدید برای تشخیص مکانیزم تشکیل پروتئین-پروتئین در سطح اسید آمینه پیشنهاد می کنیم. احتمال دو باقی مانده سطحی از دو مونومر به عنوان یک جفت ثابت باقی مانده رابط با خواص آنها در ساختارهای مونومرهای پروتئین برآورد شده است. جفت باقیمانده تخمینی با احتمالات رابط، با هم ترکیب می شوند تا یک پروتئین-پروتئین ایجاد کنند. ارزشهای احتمالی برای تشخیص رابط کاربری نزدیکی بومی از نرمافزار های بومی دیگر، یکپارچه شده اند. در این مقاله، پنج روش مبتنی بر احتمال ساده برای تشخیص رابط نزدیک بومی بر اساس چندین توصیفگر هندسی و فیزیکوشیمیایی ساخته شده است. اجراهای قابل مقایسه با بهترین نتایج قبلا گزارش شده است، که نشان می دهد این یک روش امیدوار کننده است. ایده پیشنهاد شده در اینجا اهمیت خاصی برای تحقیقات آینده در مورد تعاملات پروتئین و پروتئین خواهد داشت.
موضوعات مرتبط
علوم زیستی و بیوفناوری علوم کشاورزی و بیولوژیک علوم کشاورزی و بیولوژیک (عمومی)
پیش نمایش مقاله
یک روش احتمال جدید برای درک مکانیسم تشکیل پروتئین-پروتئین در سطح اسید آمینه
چکیده انگلیسی
Protein-protein interactions and recognitions are essential for organisms to accomplish many cellular processes. The interface compositions of protein-protein complexes are the key to understand the molecular mechanisms of these processes. There are many studies on near native interface recognition for protein-protein interactions, but the formation mechanism of protein-protein interface is still ambiguous. Here, we propose a new probability method to understand protein-protein interface formation mechanism at amino acid level. The probability of two surface residues from two monomers as a true interface residue pair is estimated by their properties in the structures of protein monomers. Estimated residue pairs with interface possibilities combine together to form a protein-protein interface. The possibility values are integrated to discriminate the near native interface from non-near native ones. In this paper, five simple probability based methods are constructed for near native interface recognition based on several geometric and physicochemical descriptors. The performances are comparable to the best results reported previously, which suggests this is a promising way. The idea proposed here will have a certain significance to the future research on protein-protein interactions.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Journal of Theoretical Biology - Volume 436, 7 January 2018, Pages 18-25
نویسندگان
, ,