کد مقاله کد نشریه سال انتشار مقاله انگلیسی نسخه تمام متن
5760020 1623789 2017 37 صفحه PDF دانلود رایگان
عنوان انگلیسی مقاله ISI
Stochastic modeling and numerical simulation of gene regulatory networks with protein bursting
ترجمه فارسی عنوان
مدل سازی تصادفی و شبیه سازی عددی شبکه های نظارتی ژنی با انفجار پروتئین
ترجمه چکیده
ما مدل و روش عددی را برای مطالعه نوسانات احتمالی پایدار و توسعه صلاحیت، یک مورد خاص از تمایز گذرا که توسط برخی سلول های باکتری در شرایط تنش حاصل می شود، اعمال می کنیم. ما دریافتیم که توزیع احتمالی حاصل از مشخصه های دیگر فرآیندهای تمایز گذرا متفاوت است. به این ترتیب، آنها می توانند به عنوان مارکر یا امضا استفاده شوند که پدیده هایی را از داده های آزمایشی جمعیت باکتریایی شناسایی می کنند، به عنوان مثال. بازده محاسباتی روش نیمهقرنگی آن را برای اهداف مانند شناسایی مدل و ارزیابی پارامتر از داده های تجربی یا در ترکیب با روال های بهینه سازی، طراحی شبکه های نظارتی ژنی تحت نویز مولکولی مناسب می سازد.
موضوعات مرتبط
علوم زیستی و بیوفناوری علوم کشاورزی و بیولوژیک علوم کشاورزی و بیولوژیک (عمومی)
چکیده انگلیسی
We apply the model and numerical method to study sustained stochastic oscillations and the development of competence, a particular case of transient differentiation attained by certain bacterial cells under stress conditions. We found that the resulting probability distributions are distinguishable from those characteristic of other transient differentiation processes. In this way, they can be employed as markers or signatures that identify such phenomena from bacterial population experimental data, for instance. The computational efficiency of the semilagrangian method makes it suitable for purposes like model identification and parameter estimation from experimental data or, in combination with optimization routines, the design of gene regulatory networks under molecular noise.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Journal of Theoretical Biology - Volume 421, 21 May 2017, Pages 51-70
نویسندگان
, , , ,