Full reconstruction of non-stationary strand-symmetric models on rooted phylogenies

شناخت ارتباطات تکاملی بین گونه ها از اهمیت بنیادی برای علوم زیستی برخوردار است. محل ریشه در هر درخت فیلوژنتیک بسیار مهم است زیرا آن را به منظور رویدادهای تکاملی می دهد. هیچ کدام از مدل های محبوب تکامل نوکلئوتیدی که در حال حاضر در مورد احتمال استفاده می شوند یا روش های بیزی می توانند محل ریشه را بدون اطلاعات خارجی بیاموزند. شناخته شده است که اغلب مدل های مارکوف جایگزینی نوکلئوتیدی نیز نمی توانند موقعیت ریشه را شناسایی کنند و یا به ترتیب چندین توالی با کمتر از سه توالی نصب شوند. ما ثابت می کنیم که محل ریشه و مدل کامل را می توان شناسایی کرد و از لحاظ آماری به طور ثابت برای یک مدل جایگزین غیر ثابت، رشته متقارن تخمین زده شده با یک ترتیب توالی چندگانه با دو یا چند توالی تخمین زده شده است. ما همچنین کار قبلی را تعمیم دادیم تا یک ابزار عملی برای غلبه بر مشکل محاسباتی قابل حل از نشانه های وضعیت پنهان در یک مدل فیلوژنتیک باشد.