کد مقاله کد نشریه سال انتشار مقاله انگلیسی نسخه تمام متن
5760267 1623778 2017 14 صفحه PDF دانلود رایگان
عنوان انگلیسی مقاله ISI
A measure to quantify the degree of cooperativity in overall titration curves
ترجمه فارسی عنوان
یک معیار برای تعریف درجه همکاری در منحنی تیتراسیون کلی
کلمات کلیدی
ترجمه چکیده
در چارچوب گروه بزرگ کانونی، تعاریف مختلف تعاونی که معمولا در زمینه پیوند لیگاند مورد استفاده قرار می گیرند معادل نیست. تعریف یکپارچگی وجود ریشه های غیر واقعی چند جمله ای متناظر است. با استفاده از این معیار کیفی، یک سوال باز است که چگونه میزان تعاونی را کم می کند. در این کار، ما یک معیار نظری را برای اندازه گیری درجه همکاری از یک منحنی تیتراسیون معرفی می کنیم. تعریف آن بر مبنای یک رویکرد انرژی حداقل، یک چندجمله ی اتصال داده شده را به حداقل انرژی متقابل که برای تولید آن لازم است، طراحی می کند. ما نشان می دهیم که درجه تعاونی را می توان به راحتی محاسبه کرد، در صورتی که مولکول مورد نظر در نظر گرفته می شود که شامل مکان های پیوند انرژی یکسان است. علاوه بر این، ویژگی چند ضلعی چندگانه به ما اجازه می دهد که مرزهای بالایی را برای درجه همکاری در سیستم های نامتقارن تعیین کنیم. این رویکرد با تعریف کیفی تعاونی مبتنی بر وجود ریشه های غیر واقعی چند جمله ای متناظر سازگار است و به این ترتیب مفهوم تعاونی را بر روی زمین نظری جامد قرار می دهد. این میله های کوچک و کوچک را متصل می کند، اما در اینجا نیز در نظر گرفته می شود که تعداد نامحدود مولکول های مختلف می تواند رفتار مربوط به لیگاند ماکروسکوپی را ایجاد کند، بدین معنا که تنها می توان از یک سیستم منحصر به فرد، بر اساس منحنی تیتراسیون، مشخص نیست.
موضوعات مرتبط
علوم زیستی و بیوفناوری علوم کشاورزی و بیولوژیک علوم کشاورزی و بیولوژیک (عمومی)
چکیده انگلیسی
In the framework of the grand canonical ensemble, different definitions of cooperativity commonly used in the context of ligand binding are not equivalent. A unifying definition is the existence of non-real roots of the binding polynomial. Using this qualitative criterion, an open question is how to quantify the degree of cooperativity. In this work, we introduce a theoretical measure to quantify the degree of cooperativity of a titriation curve. Its definition is based on a minimal energy approach mapping a given binding polynomial to the minimal interaction energy which is required to generate it. We show that the degree of cooperativity can be calculated easily, if the molecule under consideration is assumed to consist of energetically identical binding sites. Moreover, the property of sub-multiplicativity allows us to determine upper bounds for the degree of cooperativity in asymmetric systems. The approach is consistent with the qualitative definition of cooperativity based on the existence of non-real roots of the binding polynomial, and thus helps to put the concept of cooperativity on a solid theoretical ground. It connects macro- and microstates, but takes here also into account that an infinite number of different molecules can cause the same macroscopic ligand binding behavior, which means that the underlying microsystem cannot be uniquely identified based on the titration curve only.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Journal of Theoretical Biology - Volume 432, 7 November 2017, Pages 33-37
نویسندگان
,