On the quirks of maximum parsimony and likelihood on phylogenetic networks

حداکثر پارسیونی یکی از روشهای بازسازی درختی است که در برآورد فیلوژنتیک مورد استفاده قرار گرفته است. با این حال، در سال های اخیر بیشتر و بیشتر آشکار شده است که درختان فیلوژنتیک به اندازه کافی برای توصیف تکامل دقیق نیستند. به عنوان مثال، فرایندهایی مانند هیبریداسیون یا انتقال ژن جانبی که در بسیاری از گروه های موجود در موجودات زنده اتفاق می افتد و نتیجه الگوهای موزاییکی روابط را نمی توان با یک درخت فیلوژنتیکی نشان داد. به همین دلیل است که شبکه های فیلوژنتیک، که می توانند چنین حوادثی را نشان دهند، علاقه بیشتری به تحقیقات فیلوژنتیک دارند. بنابراین لازم است مفاهیم مانند حداکثر پارسیومی را از درختان فیلوژنتیک به شبکه ها گسترش دهیم. پیشنهادهای متعددی برای گسترشهای احتمالی در ادبیات اخیر، به عنوان مثال، مفاهیم نرم افزاری و سختافزاری وجود دارد. در این مقاله، ما به این دو مفهوم به اصطلاح "پروتئین بزرگ" تجزیه و تحلیل می کنیم، به عنوان مثال، ما به بررسی حداکثر شبکه های پارسیمونی و تجزیه و تحلیل خواص آنها می پردازیم. به طور خاص، ما نشان می دهیم که پیدا کردن یک شبکه حداکثر پارسیمونی نرم افزاری ممکن است در زمان چندجملهای باشد. ما همچنین نشان می دهیم که مجموعه ای از شبکه های حداکثر پارسیمونی برای تعریف سختافزار همیشه دارای حداقل یک درخت فیلوژنتیک است. در نهایت، ما برخی از موازی های پارسی مون را با مفاهیم احتمال احتمال شبکه های فیلوژنتیک بررسی می کنیم.