کد مقاله | کد نشریه | سال انتشار | مقاله انگلیسی | نسخه تمام متن |
---|---|---|---|---|
5905987 | 1159945 | 2014 | 8 صفحه PDF | دانلود رایگان |
عنوان انگلیسی مقاله ISI
De novo transcriptome analysis of Liriodendron chinense petals and leaves by Illumina sequencing
ترجمه فارسی عنوان
تجزیه و تحلیل دینو ترانسکتروموم از گلبرگ های چینی لیریودندرون و برگ توسط توالی انتخاب الولینا
دانلود مقاله + سفارش ترجمه
دانلود مقاله ISI انگلیسی
رایگان برای ایرانیان
کلمات کلیدی
GGPPClusters of Orthologous Groups of proteinsUnigenesVDEZEPPSYABADEGsPDSζ-carotene desaturaseZDSCCSCoGNGSViolaxanthin de-epoxidase - Violaxanthin de-epoksidaseCRTISO - انتقادzeaxanthin epoxidase - اکسیداز zeaxanthinNext-generation sequencing - تعیین توالی نسل بعدیEndangered - در معرض خطرphytoene synthase - سنتاز فیتوئنPhytoene desaturase - فیتون دساتورازGene ontology - هستیشناسی ژنیnon-redundant protein database - پایگاه داده پروتئین غیر انحصاریDifferentially expressed genes - ژن های متفاوت بیان شده استcarotenoid isomerase - کاروتنوئید ایزومرازgeranylgeranyl pyrophosphate synthase - گرانیل گرانیل پیرو فسفات سنتاز
موضوعات مرتبط
علوم زیستی و بیوفناوری
بیوشیمی، ژنتیک و زیست شناسی مولکولی
ژنتیک
چکیده انگلیسی
Liriodendron chinense (Hemsl.) Sarg is an endangered species and occupies a pivotal position in phylogenetic studies of flowering plants, while its genomic resources are limited. In this study, we performed transcriptome sequencing for L. chinense petals and leaves using the Illumina paired-end sequencing technique. Approximately 17.02-Gb clean reads were obtained, and de novo assembly generated 87,841 unigenes, with an average length of 778Â bp. Of these, there were 65,535 (74.61%) unigenes with significant similarity to publically available plant protein sequences. There were 3386 genes identified as significant differentially expressed between petals and leaves, among them 2969 (87.68%) were up-regulated and 417 (12.31%) down-regulated in petals. Metabolic pathway analysis revealed that 25 unigenes were predicted to be responsible for the biosynthesis of carotenoids, with 7 genes differentially expressed between these two tissues. This report is the first to identify genes associated with carotenoid biosynthesis in Liriodendron and represents a valuable resource for future genomic studies on the endangered species L. chinense.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Gene - Volume 534, Issue 2, 25 January 2014, Pages 155-162
Journal: Gene - Volume 534, Issue 2, 25 January 2014, Pages 155-162
نویسندگان
Ying Yang, Meng Xu, Qunfeng Luo, Jie Wang, Huogen Li,