کد مقاله | کد نشریه | سال انتشار | مقاله انگلیسی | نسخه تمام متن |
---|---|---|---|---|
5906251 | 1159967 | 2013 | 8 صفحه PDF | دانلود رایگان |
عنوان انگلیسی مقاله ISI
Analysis of the Dendrobium officinale transcriptome reveals putative alkaloid biosynthetic genes and genetic markers
دانلود مقاله + سفارش ترجمه
دانلود مقاله ISI انگلیسی
رایگان برای ایرانیان
کلمات کلیدی
SSRThe Arabidopsis Information ResourceCYP450TSBTIATFsqRT-PCRSCsMEPMDRNCBINGSTDCSTRESTs - EST هاTerpenoid indole alkaloid - آلکالوئید ترپنوئید اندولBLAST, basic local alignment search tool - ابزار پایهای برای جستجوی برهم نهیهای موضعی، بلاستStrictosidine synthase - استریکتوزیدین سنتازMevalonic acid - اسید MevalonicBlast - انفجارAlkaloid biosynthesis - بیوسنتز آلکالوئیدTranscriptome - ترانسکریپتومtryptophan decarboxylase - تریپتوفان دکربوکسیلازNext-generation sequencing - تعیین توالی نسل بعدیExpressed sequence tags - تگ های توالی بیان شدهKEGG یا Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes - دایرة المعارف ژن ها و ژنوم کیوتو Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes - دایره المعارف ژنتیک ژن ها و ژنوم کیوتوSimple sequence repeats - دنباله ساده تکرار می شودsimple sequence repeat - دنباله ساده تکرار کنیدTryptophan synthase - سنتاز تریپتوفانTair - سهTranscription factors - عوامل رونویسیMVA - مالیات بر ارزش افزودهmethylerythritol 4-phosphate - متیلیرتریتریل 4-فسفاتNational Center for Biotechnology Information - مرکز ملی اطلاعات بیوتکنولوژیGene ontology - هستیشناسی ژنیquantitative real-time polymerase chain reaction - واکنش زنجیره ای پلیمراز کمی زمان واقعی استmultidrug resistance protein - پروتئین مقاوم در برابر چندین رژیمenzyme commission - کمیسیون آنزیمHigh-quality - کیفیت بالا
موضوعات مرتبط
علوم زیستی و بیوفناوری
بیوشیمی، ژنتیک و زیست شناسی مولکولی
ژنتیک
پیش نمایش صفحه اول مقاله
چکیده انگلیسی
Dendrobium officinale Kimura et Migo (Orchidaceae) is a traditional Chinese medicinal plant. The stem contains an alkaloid that is the primary bioactive component. However, the details of alkaloid biosynthesis have not been effectively explored because of the limited number of expressed sequence tags (ESTs) available in GenBank. In this study, we analyzed RNA isolated from the stem of D. officinale using a single half-run on the Roche 454 GS FLX Titanium platform to generate 553,084 ESTs with an average length of 417 bases. The ESTs were assembled into 36,407 unique putative transcripts. A total of 69.97% of the unique sequences were annotated, and a detailed view of alkaloid biosynthesis was obtained. Functional assignment based on Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) terms revealed 69 unique sequences representing 25 genes involved in alkaloid backbone biosynthesis. A series of qRT-PCR experiments confirmed that the expression levels of 5 key enzyme-encoding genes involved in alkaloid biosynthesis are greater in the leaves of D. officinale than in the stems. Cytochrome P450s, aminotransferases, methyltransferases, multidrug resistance protein (MDR) transporters and transcription factors were screened for possible involvement in alkaloid biosynthesis. Furthermore, a total of 1061 simple sequence repeat motifs (SSR) were detected from 36,407 unigenes. Dinucleotide repeats were the most abundant repeat type. Of these, 179 genes were associated with a metabolic pathway in KEGG. This study is the first to produce a large volume of transcriptome data from D. officinale. It extends the foundation to facilitate gene discovery in D. officinale and provides an important resource for the molecular genetic and functional genomic studies in this species.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Gene - Volume 527, Issue 1, 15 September 2013, Pages 131-138
Journal: Gene - Volume 527, Issue 1, 15 September 2013, Pages 131-138
نویسندگان
Xu Guo, Ying Li, Chunfang Li, Hongmei Luo, Lizhi Wang, Jun Qian, Xiang Luo, Li Xiang, Jingyuan Song, Chao Sun, Haibin Xu, Hui Yao, Shilin Chen,