کد مقاله کد نشریه سال انتشار مقاله انگلیسی نسخه تمام متن
6368946 1623803 2016 11 صفحه PDF دانلود رایگان
عنوان انگلیسی مقاله ISI
Identification of thermophilic proteins by incorporating evolutionary and acid dissociation information into Chou's general pseudo amino acid composition
ترجمه فارسی عنوان
شناسایی پروتئین های ترموفیلم با استفاده از اطلاعات تکاملی تسریع کننده و اسید به ترکیب شبه آمینواسید کلی
ترجمه چکیده
پروتئین های ترموفیلی می توانند به طور مداوم در دمای بالا رشد کنند. شناسایی پروتئین ترموفیلیک می تواند برای یادگیری عملکرد پروتئین مفید باشد. پیش بینی خودکار پروتئین ترموفیلیک یک ابزار مهم برای حاشیه نویسی ژنوم است. در این کار، یک پیش بینی کننده قدرتمند با ترکیب ترکیب اسید آمینه، اطلاعات تکاملی و ثابت تجزیه اسید پیشنهاد شده است. دقت کلی پیش بینی از 93.53٪ برای استفاده از الگوریتم دستگاه بردار پشتیبانی استفاده شده است. برای بررسی عملکرد روش ما، برای آزمون روش پیشنهادی، دو مجموعه داده تست مستقل با کمترین تشابه استفاده می شود. مقایسه ها با روش های دیگر نشان می دهد که نتایج پیش بینی بهتر از سایر روش های موجود در ادبیات است. این نشان می دهد که رویکرد ما برای پیش بینی پروتئین های ترموفیلی موثر بوده است.
موضوعات مرتبط
علوم زیستی و بیوفناوری علوم کشاورزی و بیولوژیک علوم کشاورزی و بیولوژیک (عمومی)
چکیده انگلیسی
Thermophilic proteins can thrive stalely at the high temperatures. Identification of thermophilic protein could be helpful to learn the function of protein. Automated prediction of thermophilic protein is an important tool for genome annotation. In this work, a powerful predictor is proposed by combining amino acid composition, evolutionary information, and acid dissociation constant. The overall prediction accuracy of 93.53% was obtained for using the algorithm of support vector machine. In order to check the performance of our method, two low-similarity independent testing datasets are used to test the proposed method. Comparisons with other methods show that the prediction results were better than other existing methods in literature. This indicates that our approach was effective to predict thermophilic proteins.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Journal of Theoretical Biology - Volume 407, 21 October 2016, Pages 138-142
نویسندگان
, , ,