کد مقاله کد نشریه سال انتشار مقاله انگلیسی نسخه تمام متن
6369716 1623827 2015 8 صفحه PDF دانلود رایگان
عنوان انگلیسی مقاله ISI
Network-based identification of reliable bio-markers for cancers
ترجمه فارسی عنوان
شناسایی مبتنی بر شبکه نشانگرهای بیوشیمی قابل اعتماد برای سرطان
کلمات کلیدی
بیان ژن، نشانگر بیوگرافی، شبکه پیچیده
ترجمه چکیده
پیدا کردن نشانگرهای بیولوژیک برای بیماری های پیچیده از نمایه های بیان ژن توجه بالایی به استفاده بالقوه آن در تشخیص، درمان و طراحی دارو می دهد. در این مقاله پیشنهاد می کنیم یک روش مبتنی بر شبکه برای دنبال کردن نشانگرهای محرمانه با اعتماد به نفس از ژن های نامزد جمع آوری شده در ادبیات باشد. الگوریتم شامل سه مرحله است. اولا می تواند نشانگرهای زیست شناسی پیشنهادی را در ادبیات به عنوان نامزد اولیه تهیه کند؛ دوم، آستانه مبتنی بر درخت درختی می تواند برای بازسازی شبکه های ژنی نمونه های طبیعی و سرطانی مورد استفاده قرار گیرد. سوم، با استفاده مشترک از تغییرات درجه و توزیع نامزدها در جوامع، می توان ژن های کم اعتماد به نفس را فیلتر کرد. کاندیداهای زنده ماندن، ژن های با اعتماد به نفس بالایی دارند. به طور خاص، پروفایل بیان را برای کارسینوم کولون در نظر می گیریم. مجموع 34 بیومارکر اولیه که از ادبیات جمع آوری شده، ارزیابی می شود و مجموعه ای از 16 ژن به عنوان نشانگرهای محرمانه با اعتماد به نفس پیشنهاد شده است که در تشخیص نمونه های طبیعی و سرطانی عملکرد بالایی دارند.
موضوعات مرتبط
علوم زیستی و بیوفناوری علوم کشاورزی و بیولوژیک علوم کشاورزی و بیولوژیک (عمومی)
پیش نمایش مقاله
شناسایی مبتنی بر شبکه نشانگرهای بیوشیمی قابل اعتماد برای سرطان
چکیده انگلیسی
Finding bio-markers for complex disease from gene expression profiles attracts extensive attentions for its potential use in diagnosis, therapy, and drug design. In this paper we propose a network-based method to seek high-confident bio-markers from candidate genes collected in the literature. The algorithm includes three consequent steps. First, one can collect the proposed bio-markers in literature as being the preliminary candidate; Second, a spanning-tree based threshold can be used to reconstruct gene networks for normal and cancer samples; Third, by jointly using of degree changes and distribution of the candidates in communities, one can filter out the low-confident genes. The survival candidates are high-confident genes. Specially, we consider expression profiles for carcinoma of colon. A total of 34 preliminary bio-markers collected from literature are evaluated and a set of 16 genes are proposed as high confident bio-markers, which behave high performance in distinguishing normal and cancer samples.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Journal of Theoretical Biology - Volume 383, 21 October 2015, Pages 20-27
نویسندگان
, , , , ,