کد مقاله | کد نشریه | سال انتشار | مقاله انگلیسی | نسخه تمام متن |
---|---|---|---|---|
6370395 | 1623857 | 2014 | 9 صفحه PDF | دانلود رایگان |
عنوان انگلیسی مقاله ISI
Refining network reconstruction based on functional reliability
ترجمه فارسی عنوان
بازسازی شبکه تصفیه بر اساس قابلیت اطمینان عملکرد
دانلود مقاله + سفارش ترجمه
دانلود مقاله ISI انگلیسی
رایگان برای ایرانیان
کلمات کلیدی
مدل بولی، نیرومندی، مهندسی معکوس،
ترجمه چکیده
عملکرد قابل اطمینان برای زنده ماندن و توسعه شبکه های نظارتی ژنتیک در سلول های زنده و موجودات زنده بسیار مهم است. این قابلیت اطمینان کاربردی یکی از ویژگی های مهم شبکه ها است و ویژگی های ساختاری را که با تکامل در شبکه های نظارتی جاسازی شده اند، منعکس می کند. در این مقاله، این قابلیت اطمینان را در بازسازی شبکه ادغام می کنیم. ما مفهوم احتمال وابستگی را برای اندازه گیری وابستگی قابلیت اطمینان در لبه های شبکه معرفی می کنیم. ما همچنین یک روش برای تخمین احتمال وابستگی پیشنهاد می کنیم و لبه ها را با مشارکت بالا به قابلیت اطمینان عملکرد انتخاب می کنیم. ما از دو نمونه واقعی، شبکه نظارتی چرخه سلولی مخمر جوانه زده و مخمر تقسیم استفاده می کنیم تا نشان دهد که روش پیشنهاد شده بازسازی شبکه را بهبود می بخشد. علاوه بر این، احتمال وابستگی محاسبه دقیق است و می تواند به راحتی در عمل اجرا شود.
موضوعات مرتبط
علوم زیستی و بیوفناوری
علوم کشاورزی و بیولوژیک
علوم کشاورزی و بیولوژیک (عمومی)
چکیده انگلیسی
Reliable functioning is crucial for the survival and development of the genetic regulatory networks in living cells and organisms. This functional reliability is an important feature of the networks and reflects the structural features that have been embedded in the regulatory networks by evolution. In this paper, we integrate this reliability into network reconstruction. We introduce the concept of dependency probability to measure the dependency of functional reliability on network edges. We also propose a method to estimate the dependency probability and select edges with high contributions to functional reliability. We use two real examples, the regulatory network of the cell cycle of the budding yeast and that of the fission yeast, to demonstrate that the proposed method improves network reconstruction. In addition, the dependency probability is robust in calculation and can be easily implemented in practice.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Journal of Theoretical Biology - Volume 353, 21 July 2014, Pages 170-178
Journal: Journal of Theoretical Biology - Volume 353, 21 July 2014, Pages 170-178
نویسندگان
Yunjun Zhang, Qi Ouyang, Zhi Geng,