کد مقاله | کد نشریه | سال انتشار | مقاله انگلیسی | نسخه تمام متن |
---|---|---|---|---|
6370715 | 1623875 | 2013 | 7 صفحه PDF | دانلود رایگان |
عنوان انگلیسی مقاله ISI
Alignment free comparison: k word voting model and its applications
ترجمه فارسی عنوان
مقایسه تقسیم آزاد: مدل رای گیری کلمه و برنامه های کاربردی آن
دانلود مقاله + سفارش ترجمه
دانلود مقاله ISI انگلیسی
رایگان برای ایرانیان
کلمات کلیدی
مقایسه مقیاس بزرگ، آنتروپی اطلاعات، توزیع گاما،
موضوعات مرتبط
علوم زیستی و بیوفناوری
علوم کشاورزی و بیولوژیک
علوم کشاورزی و بیولوژیک (عمومی)
چکیده انگلیسی
Alignment free sequence comparison is widely used in sequence analysis, especially in computational biology for large scale similarity comparison. In this paper, we propose a word voting model to compare the biological sequences without alignment. Unlike many comparison methods based on the k word, this model does not use the k word frequency or statistics. Thus there is no limitation on the choice of k. Instead, we used information entropy of gamma distribution to characterize the differences among biological sequences in this model. Finally, we employed the model to do the similarity search and phylogenetic tree construction to further validate the model.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Journal of Theoretical Biology - Volume 335, 21 October 2013, Pages 276-282
Journal: Journal of Theoretical Biology - Volume 335, 21 October 2013, Pages 276-282
نویسندگان
Lianping Yang, Xiangde Zhang, Hegui Zhu,