کد مقاله | کد نشریه | سال انتشار | مقاله انگلیسی | نسخه تمام متن |
---|---|---|---|---|
6920434 | 1447920 | 2018 | 19 صفحه PDF | دانلود رایگان |
عنوان انگلیسی مقاله ISI
Interaction prediction in structure-based virtual screening using deep learning
ترجمه فارسی عنوان
پیش بینی تعامل در غربالگری مجازی مبتنی بر ساختار با استفاده از یادگیری عمیق
دانلود مقاله + سفارش ترجمه
دانلود مقاله ISI انگلیسی
رایگان برای ایرانیان
موضوعات مرتبط
مهندسی و علوم پایه
مهندسی کامپیوتر
نرم افزارهای علوم کامپیوتر
چکیده انگلیسی
We introduce a deep learning architecture for structure-based virtual screening that generates fixed-sized fingerprints of proteins and small molecules by applying learnable atom convolution and softmax operations to each molecule separately. These fingerprints are further non-linearly transformed, their inner product is calculated and used to predict the binding potential. Moreover, we show that widely used benchmark datasets may be insufficient for testing structure-based virtual screening methods that utilize machine learning. Therefore, we introduce a new benchmark dataset, which we constructed based on DUD-E, MUV and PDBBind databases.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Computers in Biology and Medicine - Volume 100, 1 September 2018, Pages 253-258
Journal: Computers in Biology and Medicine - Volume 100, 1 September 2018, Pages 253-258
نویسندگان
Adam Gonczarek, Jakub M. Tomczak, Szymon ZarÄba, Joanna Kaczmar, Piotr DÄ
browski, MichaÅ J. Walczak,