A framework of finite element procedures for the analysis of proteins

حرکات جمعی عمومی و عملکردی پروتئین ها و مجموعه های فوق مولکولی آنها در یک محیط فیزیولوژیک حلال در دمای پایین رخ می دهد. راه حل این حرکات با الگوریتم های پویایی مولکولی استاندارد در هنگام شمارش مغناطیسی به صورت محاسباتی به سختی امکان پذیر است. تحقیقات زیادی بر رویکردهای جایگزین متمرکز شده است که از پروتئین های تولید شده استفاده می کنند اما اغلب در خلاء هستند. در این مقاله، اثرات فیزیکی محو شدن حلال را در مدل عناصر محدود پروتئین ها به طور واقعی ترکیب می کنیم. چارچوب پیشنهادی مبتنی بر پویایی براون است و نشان داده شده است که موثر است. مزیت مهم این رویکرد این است که هزینه محاسبات به اندازه مولکولی وابسته نیست، که باعث می شود شبیه سازی طولانی مدت ماکرومولکول ها امکان پذیر باشد. با استفاده از روش پیشنهادی، ما تجزیه و تحلیل یک ماکرومولکول در حلال را تحلیل می کنیم که قبل از آن به دست نیامده است و نمی توان با الگوریتم دینامیکی مولکولی انجام داد.